在sklearn中定制了带有数据标签的transformerMixin

时间:2018-04-11 09:02:04

标签: python scikit-learn pipeline

我正在开展一个小项目,我试图应用SMOTE"合成少数过采样技术",我的数据不平衡......

我为SMOTE函数创建了一个自定义的transformerMixin ..

class smote(BaseEstimator, TransformerMixin):
    def fit(self, X, y=None):
        print(X.shape, ' ', type(X)) # (57, 28)   <class 'numpy.ndarray'>
        print(len(y), ' ', type)     #    57      <class 'list'>
        smote = SMOTE(kind='regular', n_jobs=-1)
        X, y = smote.fit_sample(X, y)

        return X

    def transform(self, X):
        return X
model = Pipeline([
        ('posFeat1', featureVECTOR()),
        ('sca1', StandardScaler()),
        ('smote', smote()),
        ('classification', SGDClassifier(loss='hinge', max_iter=1, random_state = 38, tol = None))
    ])
    model.fit(train_df, train_df['label'].values.tolist())
    predicted = model.predict(test_df)

我在FIT功能上实现了SMOTE,因为我不希望它应用于测试数据。

并且不幸的是,我收到了这个错误:

     model.fit(train_df, train_df['label'].values.tolist())
  File "C:\Python35\lib\site-packages\sklearn\pipeline.py", line 248, in fit
    Xt, fit_params = self._fit(X, y, **fit_params)
  File "C:\Python35\lib\site-packages\sklearn\pipeline.py", line 213, in _fit
    **fit_params_steps[name])
  File "C:\Python35\lib\site-packages\sklearn\externals\joblib\memory.py", line 362, in __call__
    return self.func(*args, **kwargs)
  File "C:\Python35\lib\site-packages\sklearn\pipeline.py", line 581, in _fit_transform_one
    res = transformer.fit_transform(X, y, **fit_params)
  File "C:\Python35\lib\site-packages\sklearn\base.py", line 520, in fit_transform
    return self.fit(X, y, **fit_params).transform(X)
AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'transform'

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

fit() mehtod应该返回self,而不是转换后的值。如果您只需要对列车数据起作用而不进行测试,那么请实施fit_transform()方法。

class smote(BaseEstimator, TransformerMixin):
    def fit(self, X, y=None):
        print(X.shape, ' ', type(X)) # (57, 28)   <class 'numpy.ndarray'>
        print(len(y), ' ', type)     #    57      <class 'list'>
        self.smote = SMOTE(kind='regular', n_jobs=-1).fit(X, y)

        return self

    def fit_transform(self, X, y=None):
        self.fit(X, y)
        return self.smote.sample(X, y)

    def transform(self, X):
        return X

说明:在列车数据上(即调用pipeline.fit()时),管道将首先尝试在内部对象上调用fit_transform()。如果找不到,则会分别致电fit()transform()

在测试数据上,只为每个内部对象调用transform(),因此不应更改提供的测试数据。

更新:上面的代码仍会抛出错误。 您会看到,当您对提供的数据进行过采样时,Xy中的样本数都会发生变化。但是管道只能用于X数据。它不会更改y。因此,如果我纠正上述错误,您将收到有关标签不匹配样本的错误。如果偶然,生成的样本等于先前的样本,那么y值也不会对应于新样本。

工作解决方案:傻傻的我。

您可以使用Pipeline from the imblearn package代替scikit-learn Pipeline。当在管道上调用re-sample时,它会自动关注fit(),并且不会重新采样测试数据(在调用transform()predict()时)。

实际上我知道imblearn.Pipeline处理sample()方法,但在实现自定义类并且说测试数据不能更改时被抛弃了。我没想到这是默认行为。

只需替换

from sklearn.pipeline import Pipeline

from imblearn.pipeline import Pipeline

你们都已经准备好了。不需要像你那样制作自定义课程。只需使用原装SMOTE。类似的东西:

model = Pipeline([
        ('posFeat1', featureVECTOR()),
        ('sca1', StandardScaler()),

        # Original SMOTE class
        ('smote', SMOTE()),
        ('classification', SGDClassifier(loss='hinge', max_iter=1, random_state = 38, tol = None))
    ])
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