Question

我刚在Ubuntu 18.04 LTS中本地安装了一些Perl模块。

使用像这样的RStudio服务器调用它们

system("perl -MBio::TreeIO -e 1")

我收到以下错误

无法在@INC中找到Bio / TreeIO.pm（您可能需要安装Bio :: TreeIO模块）（@INC包含：/ etc / perl / usr / local / lib / x86_64-linux- gnu / perl / 5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 / usr / share / perl5 / usr / lib / x86_64-linux-gnu / perl / 5.26 /usr/share/perl/5.26 / usr / local / lib / site_perl / usr / lib / x86_64-linux-gnu / perl-base）

当我在终端中source ~/.bashrc时，一切都还可以。

我尝试创建一个包含以下内容的~/.Rprofile：

system(". ~/.bashrc")

但没有好处。

Answer 1

根据通过在R shell中运行help(Startup)访问的文档，您应该在主目录中创建一个文件.Renviron，在启动新的R会话时将会读取该文件。例如：

<强> .Renviron

FOOBAR=/foo/bar/foo/bar

R shell

R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

> cat(Sys.getenv("FOOBAR"), "\n")
/foo/bar/foo/bar

所以只需创建.Renviron文件，并将PERL5LIB变量设置为本地perl软件包安装目录。

Rstudio中的源.bashrc

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