Question

我试图使用包rlas中的c ++类（在CRAN上）。我写了以下内容：

#include <Rcpp.h>
#include <rlasstreamer.h>

// [[Rcpp::depends(rlas)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
void f(CharacterVector file)
{
  RLASstreamer lasstreamer(file);
  return;
}

我还在LinkingTo: Rcpp,rlas中添加了DESCRIPTION。包编译，因此找到标题但是库没有链接：

undefined symbol: _ZN12RLASstreamerD1Ev

联动命令看起来与rlas

无关

g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o pkgname.so function_f.o RcppExports.o -L/usr/lib/R/lib -lR

作为一种解决方案，我通过创建一个Makevars作为解决方案，其中包含了我home/中库的硬编码路径。

PKG_LIBS= /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rlas/libs/rlas.so

它有效！

我认为这是Rcpp::depends标签的工作。我错过了哪一个正确链接另一个R包？它可能来自rlas可能不正确的包裹吗？

Answer 1

您可以在Makevars期间动态创建合适的条目，而不是在configure中使用硬编码路径。这里有一些可用于查找库位置的R代码：

libs.dir <- system.file( "libs", package = "rlas")
paste0(libs.dir, .Platform$file.sep, "rlas", .Platform$dynlib.ext)

您甚至可以将其与rlas功能一起添加到rlas.package.skeleton。例如，参见我的RcppArrayFire包：

编辑：这是一个成功的例子：

创建包骨架，更改目录

$ Rscript -e "Rcpp::Rcpp.package.skeleton()"
$ cd anRpackage

创建或更新一些文件：

$ cat configure
#!/bin/sh
RLAS_LIBS=`Rscript -e "cat(system.file('libs', 'rlas.so', package = 'rlas'))"`
sed -e "s|@RLAS_LIBS@|${RLAS_LIBS}|" src/Makevars.in > src/Makevars

$ cat cleanup
#!/bin/sh
rm -f src/Makevars src/*.o src/*.so

$ cat src/Makevars.in 
PKG_LIBS = @RLAS_LIBS@

$ cat src/rcpp_hello_world.cpp 
#include <Rcpp.h>
#include <rlasstreamer.h>

// [[Rcpp::export]]
void rcpp_hello_world() {
  RLASstreamer lasstreamer("foo");
  return;
}

$ grep rlas DESCRIPTION
LinkingTo: Rcpp, rlas

编译Rcpp属性：

$ Rscript -e "Rcpp::compileAttributes()"

构建，检查并安装软件包：

$ R CMD build .
[...]
$ R CMD check anRpackage_1.0.tar.gz 
[...]
$ R CMD INSTALL anRpackage_1.0.tar.gz 
[...]
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o anRpackage.so RcppExports.o rcpp_hello_world.o /usr/local/lib/R/site-library/rlas/libs/rlas.so -L/usr/lib/R/lib -lR
[...]

此处链接器的命令行很有意义。它显示rlas.so包含在完整路径中。现在试试这个包：

$ Rscript -e "anRpackage::rcpp_hello_world()"
ERROR: cannot open file 'foo'
ERROR: cannot open lasreadertxt with file name 'foo'
Fehler in anRpackage::rcpp_hello_world() : 
  LASlib internal error. See message above.
Execution halted

因此，当我们收到错误时，这是来自LASlib的错误，它包含在rlas.so中。如果我们查看ldd的输出，我们会再次看到rlas.so包含在完整路径中，这与其他链接库不同：

$ ldd ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/anRpackage/libs/anRpackage.so
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffe4c79d000)
    /usr/local/lib/R/site-library/rlas/libs/rlas.so (0x00007fede63fc000)
    libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007fede5d7a000)
    libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007fede59f8000)
[...]

链接到另一个包 - 未定义的符号

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