部署闪亮的应用程序时出错

Question

我写了一个闪亮的应用程序，它取决于CRAN，bioconductor和Github的一些软件包。我想在shinyapps.io上部署它，但得到一些错误。 首先，我使用shinyapp.io用户指南上的指南。只需使用R package＆＃34; rsconnect＆＃34;，并使用setAccountInfo设置帐户，然后使用rsconnect :: deployApp部署我的应用程序，但会收到以下错误。

然后我添加选项（repos = BiocInstaller :: biocinstallRepos（）） 它允许我在bioconductor上安装包，但我的应用程序也依赖于Github的包，所以得到以下错误。

Answer 1

请不要发布图片。它对字体大小没有帮助，并且无法正确传达您的问题。尝试发布您输入的代码和错误，最后发布sessionInfo（）。

根据您的错误，您可能错过了文档Using your R packages in the cloud。

  

为了使BioConductor软件包成功安装在Shinyapps.io上，必须配置repos选项...

检查您的会话正在使用的存储库

getOption("repos")  

默认情况下，您应该看到。缺少生物导体的地方。

                                            CRAN 
"https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-08-01" 
                                       CRANextra 
            "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin" 

您可以在.Rprofile（R根目录）中进行全局更改。或创建一个新的.Rprofile。我更喜欢第二种方式，您可以更好地控制。

此处Package management in RStudio Connect详细说明了步骤。

在要部署的应用程序目录中添加.Rprofile。复制粘贴以下内容。

# A sample .Rprofile file with two different package repositories

local({
  r <- getOption("repos")  
    r["BioCsoft"] <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc" 
    r["BioCann"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/annotation" 
    r["BioCexp"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/experiment" 
r["BioCworkflows"]<- "https://bioconductor.org/packages/3.7/workflows"            
    r["CRAN"]     <- "https://cran.rstudio.com" 
  options(repos = r)
})