带有正负值的R ggplot气泡图表图例

时间:2018-06-05 17:36:04

标签: r ggplot2

我正在尝试生成一个气泡图,其中点的大小与值成比例 我尝试使用以下代码找到here

library(ggplot2)
ggplot(tmp, aes(x=Condition, y=variable, colour=factor(sign(as.numeric(value))), 
                size=abs(as.numeric(value)))) 
+ geom_point() 
+ scale_color_manual(values=c("green", "red"), guide=FALSE) 
+ theme(axis.text.x=element_text(angle=90, hjust=1))
+ scale_size_continuous(limits=c(-12, 12), 
                        breaks=c(2, 2, 4, 4, 6, 6, 8, 8, 10, 10, 12, 12), 
                        labels=c(-12, -10, -8, -6, -4, -2, 2, 4, 6, 8, 10, 12), 
                        name="fold-change", range = c(1, 7))
+ guides(size = guide_legend(override.ae = 
                               list(size=c(6.34, 5.4, 4.44, 3.50, 2.56, 1.78, 
                                           1.78, 2.56, 3.50, 4.44, 5.4, 6.34))))

问题是图中的气泡没有缩放。 这是我获得的plot

enter image description here

在这个post中,有人建议使用rescale()功能,但我无法找到如何使用?有什么建议吗?

以下是我用于生成图表的数据:

Condition   variable    value
Cond1   CAMP1   NA
Cond2   CAMP1   NA
Cond3   CAMP1   -1.09680158184917
Cond4   CAMP1   NA
Cond1   CAMP3   -2.11519974938544
Cond2   CAMP3   NA
Cond3   CAMP3   -3.69892964715416
Cond4   CAMP3   NA
Cond1   CAMP23  7.06300132012619
Cond2   CAMP23  1.38072944850355
Cond3   CAMP23  5.72052199524444
Cond4   CAMP23  1.38675577543487
Cond1   CAMP25  10.6416932316709
Cond2   CAMP25  4.43600855148748
Cond3   CAMP25  10.1200460237359
Cond4   CAMP25  4.17180729151797
Cond1   CAMP26  -1.01178185945991
Cond2   CAMP26  NA
Cond3   CAMP26  NA
Cond4   CAMP26  NA
Cond1   CAMP29  NA
Cond2   CAMP29  NA
Cond3   CAMP29  -2.26897328234847
Cond4   CAMP29  -1.04075218615949

感谢您的帮助!

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