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Question

我正在尝试编写一个函数，该函数需要几行代码，并允许我输入一个变量。我下面有使用Surv函数（Survival包）创建对象的代码。第二行使用有问题的变量，在本例中为列为Variable_X的列，然后输出可以使用ggsurvplot可视化的数据。输出是Kaplan-Meier生存曲线。我想做的是具有一个函数，使我可以键入f（Variable_X）并可视化从数据中选择的任何列的输出KM曲线。我希望f（y）输出KM，就像我将y放置在〜Variable_X当前所在的位置一样。我对R并不陌生，对函数的工作方式也很陌生，我尝试了以下代码，但显然不起作用。我正在研究数据营并阅读帖子，但是我很难过，感谢您的帮助。

surv_object <- Surv(time = KMeier_DF$Followup_Duration, event = KMeier_DF$Death_Indicator)

fitX <- survfit(surv_object ~ Variable_X, data = KMeier_DF)

ggsurvplot(fitX, data = KMeier_DF, pval = TRUE)

 f<- function(x) {
 dat<-read.csv("T:/datafile.csv")
 KMeier_DF < - dat
 surv_object <- Surv(time = KMeier_DF$Followup_Duration, event = 
 KMeier_DF$Death_Indicator)
 fitX<-survfit(surv_object ~ x, data = KMeier_DF)
 PlotX<- ggsurvplot(fitX, data = KMeier_DF, pval = TRUE)
 return(PlotX)
}

Answer 1

您遇到的问题的症结实际上是一个很难解决的绊脚石：how to pass variable or dataframe column names into a function。我创建了一些示例数据。在下面的示例中，我提供了一个函数四个变量，其中之一是您的数据。您可以看到我在列上调用的两种方式，分别是使用[[]]和[,]，您可以认为它们等同于使用$。在函数外部，它们在内部，但不是内部。这里的print函数只是向您显示数据。如果这些对象存在于您的全局环境中，请rm(surv_object)一步一步地删除它们，或全部rm(list = ls())清除它们。

duration <- c(1, 3, 4, 3, 3, 4, 2)
di <- c(1, 1, 0, 0, 0, 0, 1)
color <- c(1, 1, 2, 2, 3, 3, 4)
KMdf <- data.frame(duration, di, color)

testfun <- function(df, varb1, varb2, varb3) {
  surv_object <- Surv(time = df[[varb1]], event = df[ , varb2])
  print(surv_object)
  fitX <- survfit(surv_object ~ df[[varb3]], data = df)
  print(fitX)
#  plotx <- ggsurvplot(fitX, data = df, pval = TRUE) # this gives an error that surv_object is not found
#  return(plotx)
}

testfun(KMdf, "duration", "di", "color") # notice the use of quotes here, if not you'll get an error about object not found.

更好的是，您还有一个更艰难的绊脚石：r如何处理变量和where it looks for them。据我所知，您会遇到这种情况，因为ggsurvplot中有possibly a bug，并且在全局环境中查找变量，而不是在函数内部。他们解决了问题，但据我所知，它仍然存在。当您尝试运行ggsurvplot行时，会得到一个错误，如果不提供变量，则会出现此错误：

Error in eval(inp, data, env) : object 'surv_object' not found.

希望这会有所帮助。如果我是我，我会提交一个错误报告。

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我希望this solution would help，但不是。

testfun <- function(df, varb1, varb2, varb3) {
  surv_object <- Surv(time = df[[varb1]], event = df[,varb2])
  print(surv_object)
  fitX <- survfit(surv_object ~ df[[varb3]], data = df)
  print(fitX)
  attr(fitX[['strata']], "names") <- c("color = 1", "color = 2", "color = 3", "color = 4")
  plotx <- ggsurvplot(fitX, data = df, pval = TRUE) # this gives an error that surv_object is not found
  return(plotx)
}

Error in eval(inp, data, env) : object 'surv_object' not found

Answer 2

这是家庭作业，对不对？

首先，在提供示例之前，您需要尝试运行代码。您的示例有几个致命错误。 ggsurvplot()需要库调用survminer或被召唤如下：survminer::ggsurvplot()。

您已经定义了函数f，但从未使用过。在函数定义中，您有一个任意的空间< -。它永远都行不通。

我建议您首先定义一个函数，该函数计算两个数字的和，或连接两个字符串。开始here或here。然后，您可以返回Kaplan-Meier的内容。

第二，在另一个或两个类中，您将需要了解函数的三个部分。您将需要了解函数的范围。在开始复制和粘贴之前，您不妨先研究一下基础知识。

第三，在您发布其他问题之前，请阅读How to make a great R reproducible example?。

好运。

需要一些帮助编写函数

2 个答案:

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