在Slurm管理的群集上使用mpirun的任何用例?

时间:2018-07-12 07:54:48

标签: mpi slurm

我最近查看了product.manufacturer.active if manufactuermpirun的{​​{3}}和mpiexecsrun的{​​{3}},但是我想知道{ {1}}与口语和sbatch有关。

通常在示例中,发送到mpirun的文件中都包含srun来执行MPI程序,但是有时我看到使用sbatch或{{1}的文件}。但是,我不明白为什么要这么做。如this post所示,似乎使用srun <program>mpirun可能会产生各种(与实现有关的错误)错误,并且没有理由不使用mpiexec。 / p>

这是准确的吗?还是有充分的理由为什么您要在Slurm管理的集群上执行程序时使用mpirunmpiexec而不是srun

1 个答案:

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这个问题在很大程度上取决于您使用的MPI的风格以及它与SLURM的集成。

对于我自己,我完全赞赏这是个人喜好问题,我想说,由于不得不面对众多不同的集群和环境,我试图尽可能减少可变性的范围。因此,如果我运行的群集上有SLURM,我将尝试通过SLURM和sbatch对我的代码进行所有运行时调整,然后让MPI继承它们。

为此,我将定义我想要的以及我希望如何从#SBATCH提交参数提交MPI代码:节点数,每个进程的核心数,每个节点的进程数等。然后,希望通过MPI库提供的mpirun,mpiexec或类似命令使MPI启动尽可能简单。例如,大多数(如果不是全部)最近的MPI库可以直接检测到作业已在SLURM中提交,并继承了SLURM的流程位置,而无需付出任何额外的努力。通常,例如对于Intel MPI,我确实使用mpirun -bootstrap slurm <mycode>并且所有进程都按预期放置。确实,这个-bootstrap slurm选项甚至可能不是必需的,但我还是以防万一。

相反,如果在库的srunmpirun上使用mpiexec,则要求MPI代码已与SLURM的过程管理库链接。可能会或可能不会,因此可能会或可能不会执行您想要的操作。但是更重要的是,即使它确实起作用,与仅使用MPI默认启动器相比,它也不会给您带来任何额外的优势,因为SLURM已经在通过sbatch提交作业时完成了流程管理。 因此,对我而言,除了极少数情况下进行快速而肮脏的测试外,无论何时将SLURM用于批处理调度,都不会使用srun,而是使用MPI的mpirunmpiexec命令。

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