R CCA Plot：如何摆脱plot（）中的重叠标签？

Question

我正在对物种和环境参数的丰度数据表进行CCA，这与doubs数据ade4.包中的数据非常相似

cil.cca.r<-cca(cil~.,envm.r)

其中cil是一个包含16个观测值（样本位置）和76个变量（丰度）的丰度数据的表，而envm.r是我的具有16个观测值（样本位置）和11个变量（环境参数）的表）。

我的问题是我有很多物种，我希望图中的物种名称更具可读性。 或者，如果这样不起作用，我需要找出哪种物种，例如请允许我说“首选”环境参数PK / ml。当物种名称不可读时，如何获得该信息。 我开始使用的命令如下：

plot(cil.cca.r,scaling=1,display=c("sp","lc","cn"),main="Triplot CCA spe ~envm.r - scaling 1",repel = TRUE )

接下来，我还尝试将命令分开以使其更具可读性。

plot(cil.cca.rh, type="n",xlim=c(-2,2))
text(cil.cca.rh, "species", col="red", cex=0.6)
text(cil.cca.rh, dis="cn",cex=0.7,adj=0.8,col="blue")

我无法尝试这些参数。

然后我找到了函数orditorp()

plot(cil.cca.rh, type="n",xlim=c(-2,2))
orditorp(cil.cca.rh, "species", col="red", cex=0.6)
orditorp(cil.cca.rh,display="sites",cex=0.8,adj=0.1,col="darkgreen",air=0.7)

Plot with orditorp

这使该图看起来更好，但是我仍然没有得到有关我的物种的信息，因为其中很多都获得了积分。 我希望有一些解决方案，例如软件包ggrepel，例如repel()中的ggplot2函数，但这不适用于CCA。 错误“ ggplot2不知道如何处理类cca的数据”。 我还希望有一些功能，如软件包fviz_pca_ind()的{​​{1}} 但适用于CCA数据。 但是我什么也找不到，非常感谢您提供解决方案，以更好地绘制标签或获取带有位置的物种名称！ 当然，我能做的是给该物种一个较短的名称或数字而不是名称，但是最好以一种观点来了解它是哪个物种... 还是图形的“放大”部分？