Question

对此帖子，我感到非常抱歉，我确信它的方法太简单了，但是我一直在寻找，并且找不到任何答案！（是的，我的wifi已打开= P哈哈）我正在建立一个使用BASH进行DNA分析的管道，在其中使用该脚本确实很有用。（我将其制作的功劳记为0％，但已发布给所有人使用）https://forum.qiime2.org/t/automatic-manifest-maker-in-r/2921 我之前从未在R中做过任何工作，所以如果这是一个愚蠢的问题，我再次感到抱歉。

我怀疑问题出在前几行，或者是它的解释方式，这里是前三行

library(tidyverse)

SamplesF <- list.files(path = "Data", pattern = "*.R1.fastq.gz", all.files = 
FALSE,
full.names = TRUE, recursive = FALSE,
ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE, no.. = FALSE)

这是错误

/home/qiime2/Taxonomy.R: line 1: syntax error near unexpected token `tidyverse'
/home/qiime2/Taxonomy.R: line 1: `library(tidyverse)'

只需添加一些上下文，这是在Ubuntu VM中，就运行了以下命令来安装和设置软件包

conda create -n R-Env -y
source activate R-Env
Install r-essentials and tidyverse package by running:
conda install r-essentials -y
conda install -c r r-tidyverse -y
conda install -c r r-gdata -y

我叫脚本Taxonomy.R并给了它 chmod + x 它已创建，当前位于〜目录

Answer 1

在将R脚本作为可执行文件运行时，需要添加“ shebang”（例如，参见this discussion）；因此，作为R脚本的第一行，添加以下内容：

#!/usr/bin/env Rscript

然后，从终端上，您应该可以运行

source activate R-Env
./Taxonomy.R

（请参见this Stack Overflow question，在不同的上下文中对shebangs和Anaconda进行简要讨论）。请注意，您可能需要先停用然后重新激活R-Env才能起作用。

尽管这将解决语法错误并允许您的R脚本运行，但不能保证您的R脚本将运行而不会发生不相关的错误。

语法错误（使用R脚本）

1 个答案: