na.rm = TRUE的R中几个big.matrix对象的按元素均值

时间:2018-10-17 09:23:04

标签: r na r-bigmemory

此问题与此处提出的问题非常相似:Element-wise mean of several big.matrix objects in R

但是,现在我的目标是考虑到na.rm = TRUE,计算18个文件支持的big.matrix对象(每个> 4GB)的按元素平均值。

对于普通大小的矩阵,我将执行以下操作:

#Generate a list of 3 example matrices
my.list <- list(matrix(c(1:9), nrow = 3), 
                matrix(c(10:18), nrow = 3), 
                matrix(c(19:27), nrow = 3))
my.list[[1]][1,1] <- NA
my.list[[3]][2,1] <- NA

#Take element-wise mean with na.rm = TRUE 
test <- apply(simplify2array(my.list), 1:2, mean, na.rm= TRUE)

#This results in:
> test
      [,1] [,2] [,3]
 [1,] 14.5   13   16
 [2,]  6.5   14   17
 [3,] 12.0   15   18

我正在使用具有16GB RAM的64x Windows10计算机。

任何建议都非常欢迎。谢谢!

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