R中的MICE的水平/行和垂直/列限制

时间:2018-11-02 11:10:32

标签: r imputation r-mice

我想使用R软件上的MICE包对一组变量(生态特征)执行多种实现。

这是我的数据框的样子:

#Example of data frame (lines : species, columns: traits, values : traits value for each species)
tab_sptraits<- data.frame (
    trait1 = c(15, 2, 3, 6, 5, NA, NA, 5, 4, 6, 17), 
    trait2 = c(511, 532, 426, NA, 236, NA, 653, NA, 569, 345, 568),
    row.names = c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", "sp9", "sp10", "sp11")
    )
tab_sptraits

对于每个物种(系)和每个系(列),都有(从生物学角度而言)最小值和最大值:

minmaxvalue_trait1<- data.frame (
    min = c(5, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 3, 3, 1, 4),
    max = c(22, 12, 35, 8, 9, 11, 9, 10.5, 4.5, 6, 31),
    row.names = c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", "sp9", "sp10", "sp11")
    )

minmaxvalue_trait2 <- data.frame (
    min = c(420, 231, 421, 129, 210, 785, 264, 265, 232, 126, 549),
    max = c(652, 784, 569, 399, 358, 1365, 795, 396, 785, 647,981),
    row.names = c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", "sp9", "sp10", "sp11")
    )
minmaxvalue_trait2

因此,我想根据这些最小值和最大值为NA分配值: 例如,对于n°4物种(“ sp4”行),生物学特性2(“ trait2”列)的值应介于129和399之间。

我以前看过有关列约束(here)的文章,但是我没有发现关于行约束的信息(水平),甚至都没有!

是否可以应用这些限制?如果是这样,我应该如何进行?

谢谢您的帮助

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