如何在不指定绝对路径的情况下使用文件脚本？

Question

我有这个过程：

#!/usr/bin/env nextflow

params.queries = ""
params.db = ""

queries = Channel.fromPath(params.queries)
queries.into { queries_psiblast; queries_pssm }
db = file(params.db)

process PsiBlast {

    input:
    file query from queries_psiblast

    output:
    file top_hits

    """
    psiblast -db $db -query $query -out top_hits
    """
} 

process ParsePsiBlastOut {

    input:
    file top_hits

    output:
    file top_hits2

    """
    python3 psi_blast_output_to_fasta_next.py  $top_hits 
    """
}

我对第二个过程有问题，Nextflow找不到我的python脚本。

这是我的目录（我不在HOME中，我不在project /中。因此它不是我在HOME中的“ bin”）：

bin/  pipeline_amont.nf

我的python脚本在bin中，如Nextflow文档所说。

但是Nextflow似乎在工作中搜索它。

我如何对Nextflow说要在bin中查找脚本？

Answer 1

Nextflow会自动将项目bin目录添加到任务$PATH中，因此您需要在不指定python解释器即

的情况下将脚本作为命令调用。

psi_blast_output_to_fasta_next.py   

代替

python3 psi_blast_output_to_fasta_next.py