在Markdown中将输出保存到文本文件

Question

我一直在H2O中使用Rmarkdown，当我想将输出保存到文本文件中时，仅保存了第一部分（页面），但是在控制台中没问题< / p>

我使用了以下代码：

fileConn<-file(".\\h2o.randomForest\\output.txt")
writeLines(capture.output(summary(rf1)), fileConn)
close(fileConn)

如何将所有输出保存到文本文件？

由于重复性要求

您可以尝试在Rmarkdown中遵循以下代码

library(h2o)
h2o.init()

# import the iris dataset:
# this dataset is used to classify the type of iris plant
# the original dataset can be found at https://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Iris
iris <-h2o.importFile("http://h2o-public-test-data.s3.amazonaws.com/smalldata/iris/iris_wheader.csv")

# convert response column to a factor
iris['class'] <-as.factor(iris['class'])

# set the predictor names
predictors <-colnames(iris)[-length(iris)]

# split into train and validation
iris_splits <- h2o.splitFrame(data = iris, ratios = .8, seed = 1234)
train <- iris_splits[[1]]
valid <- iris_splits[[2]]

# try using the `estimate_k` parameter:
# set k to the upper limit of classes you'd like to consider
# set standardize to False as well since the scales for each feature are     very close
iris_kmeans <- h2o.kmeans(x = predictors, k = 10, estimate_k = T, standardize = F,
                      training_frame = train, validation_frame=valid, seed = 1234)

# print the model summary to see the number of clusters chosen


fileConn<-file("output2.txt")
writeLines(capture.output(summary(iris_kmeans)), fileConn)
close(fileConn)

哪个给出以下输出

Console output

Rmarkown output

新发现

当您knit进行Rmarkdown时，可以，但是当run the current chunk时，则是异常。

更新

Windows和Ubuntu上的结果相同

sessionInfo：

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1258   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

Answer 1

不确定我是否正确理解了您要达到的目标，但是如果您想要

将所有输出写入文本文件

最简单的方法是使用Rscript并从命令行重定向输出：

$args,...

或直接从R（例如，通过Rscript yourscriptfilename.R > output.txt （或Windows上的system）：

shell

这将运行您的R脚本，而不是将输出写入控制台，而是将它们写入output.txt

编织器将system("Rscript yourscriptfilename.R > output.txt") 渲染到R Mardown文件的输出中

只需在R Markdown文件的块底部添加summary

Answer 2

我实际上无法重现您的问题；也就是说，当我使用 R控制台，编织或运行当前块时，它对我来说效果很好。

我推测file连接和/或writeLines函数存在（晦涩）问题。因此，我建议您使用以下选项之一将输出写入文件。我还建议您在将输出发送到文件之前将其保存到变量。

选项1：，使用cat代替writeLines，如下所示：

fileConn<-file("output2.txt")
output <- capture.output(summary(iris_kmeans))
cat(output, file=fileConn)
close(fileConn)

选项2：如下，将cat与sink一起使用：

sink("output2.txt")
output <- capture.output(summary(iris_kmeans))
cat(output)
sink()

让我知道是否有帮助。