没有单元格之间的线条的Seaborn热图

时间:2018-12-11 18:44:11

标签: python seaborn heatmap

由于图像应显示在背景中,因此我试图用透明的颜色图创建带有Seaborn的热图。到目前为止,热图创建工作正常,但是即使热图的线宽设置为0.0,单元格之间的某些线仍然可见。

用于创建热图的代码如下:

ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0)
ax.collections[0].set_alpha(0.5)

image是64x64 numpy数组。产生的热图如下所示: Heatmap(抱歉,没有足够的声誉无法嵌入图片)

问题在于电池之间的细线。奇怪的是,它们并不处处都是

有人知道如何摆脱这些限制吗?

非常感谢


更新1(完整的工作示例):

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0)
ax.collections[0].set_alpha(0.5)
plt.show()

结果是这个热图:

this heatmap

在这里您可以看到每列之间都有细线,但第一行和第二行之间没有任何线。

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

线是半透明色块的重叠,无法在像素网格上完美对齐。

alpha混合

一种选择是不使用透明度,而是通过alpha混合创建不透明的颜色。

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.colors import ListedColormap
import numpy as np
import seaborn as sns

def get_alpha_blend_cmap(cmap, alpha):
    cls = plt.get_cmap(cmap)(np.linspace(0,1,256))
    cls = (1-alpha) + alpha*cls
    return ListedColormap(cls)

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap=get_alpha_blend_cmap("rocket_r", 0.5), linewidths=0.0)

plt.show()

enter image description here

一个明显的优点是,颜色栏与热图的颜色相同。

提高dpi

如果没有上述选项,则可以在保存时提高dpi。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import seaborn as sns

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
ax = sns.heatmap(image, cmap="rocket_r", linewidths=0.0, edgecolor="none", alpha=0.5)
plt.savefig("test.png", dpi=1000)

enter image description here

这当然对屏幕上显示的数字没有任何影响。

imshow

最后,考虑在此处不使用seaborn,而是使用matplotlib imshow情节。

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
plt.style.use("seaborn-dark")
plt.rcParams["axes.facecolor"] = "white"
import numpy as np

image = np.array([[1, 1, 2, 2], [3, 3, 3, 3], [4, 5, 4, 5], [6, 6, 6, 6]])
im = plt.imshow(image, cmap="rocket_r", alpha=0.5)
plt.colorbar(im)
plt.gca().set(xticks=(range(image.shape[1])),yticks=(range(image.shape[0])))
plt.show()

enter image description here

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