Question

在R编程方面，我还是一个新手，所以如果听起来很明显或被误导了，请原谅我。

我正在使用一个名为bcrm的R程序包（该程序在进行癌症临床试验的剂量递增方面做得很聪明），当我交互运行它时，它要求我通过终端输入。

我希望能够非交互式地运行它。我有什么办法可以编写一个脚本，该脚本不仅包括调用bcrm软件包的命令，还包括对它随后提出的问题的答案？

编辑2018年12月21日：这是要求我提供交互式输入的代码。我很想在代码的最后一位之后（或者可能在DOS批处理脚本中）放置一些代码，以提供输入，包括输入一系列数字。

library(bcrm)

dose.levels <- c(1, 2, 3, 4)
prior.tox <- c(0.05, 0.1, 0.2, 0.3)
cohort.size <- 3
target.tox <- 0.33
max.size <- 6
prior.mean <- c(-0.5, 0.01)
prior.vcm <- matrix(c(0.5, 0.3, 0.3, 2), ncol=2)
prior.dist <- list(4, prior.mean, prior.vcm) 

tox.seq <- c(0, 0, 0)
dose.seq <- c(1, 1, 1)

mydata <- data.frame(patient = 1:3, dose=dose.seq, tox=tox.seq)




crm<-bcrm(dose = dose.levels,               # Dose levels
          p.tox0 = prior.tox,               # Prior probabilities of DLT
          target.tox = target.tox,          # Target tox level
          cohort = cohort.size,             # Cohort size
          stop = list(nmax = max.size),     # Stopping criteria
          ff = "logit2",                    # Model
          prior.alpha = prior.dist,         # Prior distribution on model parameter
          sdose.calculate = "median",       # How to calculate dose labels
          pointest = "plugin",              # How we will estimate DLT risks
          data = mydata,                    # Data so far
          simulate = FALSE,                 # Simulate lots of trials?
          method="rjags",                   # Calculation method
          truep = prior.tox,                # True probabilities, assume same as prior
          plot = TRUE)                      # Plot trial data as we go

Answer 1

查看返回值的数据结构，如果您将simulate = True和nsims = 1设置为

，则可以提取与设置simulate = false相同的输出值。

例如设置模拟=假给出：

<Modal
    isOpen={this.state.modalIsOpen}
    onAfterOpen={this.afterOpenModal}
    onRequestClose={this.closeModal}
    style={customStyles}
    contentLabel='Movies modal'
>
    {
        //Would like to print relative data here
    }
    <h2 ref={subtitle => this.subtitle = subtitle}>TITLE GOES HERE</h2>
    <div>
        <p>Id: {this.state.movie.id}</p>
        <h5 className='modalRelease'>Released: {this.state.movie.release}</h5>
        <h5 className='modalVote'>Rating: {this.state.movie.rating}</h5>
    </div>
    <button className='modalClose' onClick={this.closeModal}>X</button>
</Modal>

设置Simulator = true和nsims = 1会给出：

crm$ndose[[1]][[1]] # returns [1] 2

与以前一样返回2，所有其他值也相同。

Answer 2

也许有人证明我错了（我希望如此），但是：

尝试找到一些解决方法后，我认为在不更改程序包源代码（或找到大手法）的情况下，无法自动注入答案。

背景

软件包bcrm使用标准R的readline函数接受交互式输入（请参见源代码，例如函数crm.interactive：https://github.com/cran/bcrm/blob/master/R/bcrm_0.4.7.R）
readline仅在交互模式下有效（请参阅帮助）：

在非交互式使用中，结果就像响应是RETURN并且值为“”。
如果我尝试在启用了“交互”模式（R --interactive < your_code.R）的（Linux）命令行中执行您的代码，则必须使用输入重定向来提供R代码，并且因此无法重定向输入本身（我猜想它会被忽略，因为readline不会读stdin，而是读console）。
Rscript --interactive -e 'source("your_code.R")也不起作用（不接受“ --interactive”参数）。

因此，可能的解决方案需要更改软件包的源代码，以提供使用readline支持“交互式”答案e的替代方法。 G。来自文件或可选参数（请与作者联系以要求更改此内容）。

由于源代码包含在一个文件中（请参见https://github.com/cran/bcrm/blob/master/R/bcrm_0.4.7.R），所以我想您可以在应用了一些更改后，例如将其作为源文件。 g。

用readline()替换对my.readline()的每次呼叫
通过为每个新调用返回一个字符串“行”来实现函数my.readline()（您可以从字符向量中获取值并记住最后一个被调用值的索引）。

示例：

cur.answer = 0
answers    = c("0", "1", "0")

my.readline <- function() {

  cur.answer <<- cur.answer + 1  # use "global" variable!

  if (cur.answer <= length(answers))
    return (answers[cur.answer])

  return ("")  # default
}

my.readline()
# [1] "0"
my.readline()
# [1] "1"
my.readline()
# [1] "0"
my.readline()
# [1] ""

运行需要非交互式输入的R程序包

2 个答案: