ImageJ-如何从图像序列中提取x y和z(灰度)坐标

时间:2018-12-19 10:52:35

标签: batch-processing imagej imagej-macro

我有一个图像序列(大约600张图像),我想从该图像序列中提取ImageJ中的x,y坐标和荧光(z,灰度)。 “分析->工具->保存XY坐标”非常完美,可以将这些数据提取到.csv文件中;但我想对600张图片进行处理。因此,我尝试编写一个Macro,但是我仍然遇到麻烦。

这是我的实际宏:

function extractdata(input, output, filename) {
open(input + filename);
makeRectangle(169, 162, 891, 820);
run("Save XY Coordinates...", output + filename);
close()

input = "D:/Results/181212_5/";
output = "save=D:/Results/181212_5/";

setBatchMode(true); 
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++)
      action(input, output, list[i]);
setBatchMode(false);

}

它正在运行,但是我的D:/ Results / 181212_5 /文件夹中最后没有任何内容。

最后,我想处理这些数据以获取我的图像的延时3D映射(x,y,z; z在每个图像上都在变化)。

谢谢!

Axel

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