Question

我编写了一个使用python的{{1}}脚本（python 3.6）。 rpy2的版本为R。我运行3.5.1时出现错误：

/Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/ init 。py：146：RRuntimeWarning：错误：程序包或名称空间加载失败对于“ Seurat”： .onLoad在'hdf5r'的loadNamespace（）中失败，详细信息：致电：fun（libname，pkgname）错误：检索当前错误处理程序时出错

我从中看到importr('Seurat')需要导入importr('Seurat')，但失败。我在虚拟hdf5r环境中工作。启动conda并运行R很好。如果我只是打开library('Seurat')并运行spyder，它也可以正常工作，但是在终端机importr('Seurat')中运行时，它会失败，并显示上述错误。我使用python seurat_clustering.py以及在hdf5r内安装了conda，但没有帮助。如果我在R中运行importr('hdf5r')，它会给出一个有趣的警告，在这里可能很重要（虽然不是错误，所以实际上加载得很好）：

/Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/ init 。py：146：RRuntimeWarning：错误：延迟加载数据库' /Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/R/library/hdf5r/R/hdf5r.rdb'已损坏

更新

问题仍然没有解决，但我在这里找到了问题。以下导入接连执行导致该问题：

spyder

因此，一个文件正在导入import hdf5 from rpy2.robjects.packages import importr seuratLib = importr('Seurat')，以打开文件并加载正确的数据，但是由于这个原因，我无法导入hdf5。我想应该有一种在导入Seurat之前卸载hdf5的方法。

Answer 1

最终，我通过切换导入顺序解决了该问题：首先导入所有与rpy2相关的软件包，然后导入Seurat，然后再导入h5py（在一个单独的文件中进行数据检索。

from rpy2.robjects.packages import importr
seuratLib = importr('Seurat')
import nice_service as ns

在nice_service里面我有import hdf5

rpy2.rinterface.RRuntimeError：错误：.onLoad在'hdf5r'的loadNamespace（）中失败

1 个答案: