基因和患者突变频率的马戏团图问题

时间:2019-01-08 12:40:19

标签: r circos

我已经在生物信息学部分提出了这个问题,但是我发现这里还有更多与马戏团有关的查询,所以我想在这里再次发问question

我没有尝试过R包,因为原始的杂音在我这边更容易制作数据格式并运行它,但是我没有得到它的图,因为它要生成但看起来很笨有点难以推断。

所以我有一组文件,其中包含基因及其染色体位置,另一组文件中所有基因的染色体位置以及患者突变。

  • DC3_DC7_CIRCOS_CHR_DATA这是我的位置数据
  • DC3_DC7_CORD_PLOT,其中包含患者的基因突变
  • exp.conf是我的配置文件

这是我先前的问题,但现在我想看看我尝试过的患者样本突变并获得输出,但看起来真是笨拙的Circos输出

这是我的files

在我要绘制的文件中,根据患者的基因突变,最大为1到53名患者。

在图中,NPM1的突变率最高,有53位患者。我试图将阈值设置为> 10到<3之间,以设置颜色标签,该标签用于标记其中包含的数字。

  • 如何将基因名称添加到图中?
  • 有没有一种方法可以显示只有1个突变的基因连接在一起,类似地,将2个突变连接在一起,依此类推。 enter image description here

我尝试了链接,但无法正常工作。

我认为可能是非常根本的,我无法使其正常工作

任何建议或帮助将不胜感激。

如果使用我提供的数据有任何R解决方案,那也将非常有帮助

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