如何从“ .RDat”文件中提取特定值并将其存储在新文件中

时间:2019-02-04 02:07:33

标签: r

我在一个目录中有多个.RDat文件(约6000个),我需要从中提取特定值(hsq.pv)并将其写入另一个文件中。我莫名其妙地无法做到这一点。我到目前为止尝试过的代码是

fileNames <- Sys.glob("*.RDat")
HsqPV <- data.frame()
j <- 1
for(i in fileNames)
{
  load(i)
  HsqPV$pval(j) <- hsq.pv 
  print(hsq.pv)
  j <- j + 1
}

但是上面的代码给出了错误

  

hsq.pv(i)中的错误:找不到函数“ hsq.pv”

如果我删除行HsqPV$pval(j) <- hsq.pv(i),则代码正在工作并从目录中存在的所有文件中打印所有hsq.pv,但这不是我想要的。

因此,我需要一个文件,其中包含目录中所有文件的每个基因名称以及hsq.pv。基因名称是文件名的一部分。例如,如果文件名是Artery_Aorta.ENSG00000000460.12.wgt.RDat,则基因名是ENSG00000000460.12

如果有人可以帮助我,将不胜感激。谢谢。

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