在Rmarkdown中的交互式（Rstudio）和非交互式（knitr）使用中设置工作目录

Question

我正在开发一个通用管道，该管道将跨多个项目运行，并且希望使用Rmarkdown笔记本生成最终报告。

所以我的目录结构可能类似于：

/home/user/devel/pipelines/
  | - pipeline1/
  | - pipeline2/
  | - pipeline3/
       | - .git
       | - default_configuration.ini
       | - processing_pipeline.py
       | - report.Rmd

/cluster/lustre/projects/
  | - project1/
  | - project2/
  | - project3/
        | - data/
        | - pipeline1_results/
        | - pipeline2_results/
        | - pipeline3_results/
             | - configuration.ini
             | - results.tsv.gz
             | - results... [VARIOUS ANALYSIS PRODUCTS]
             | - [finished report will go here]....

在理想情况下，我想将Rmarkdown源代码保留在devel目录中，受版本控制。我想使用Rstudio工作目录而不是Rmd的位置作为工作目录，在Rstudio上针对示例数据集以交互方式开发报告，并且对于以后的数据集，可以使用脚本命令和使用当前目录作为工作目录，而无需更改任何代码。

我可以通过添加类似以下内容来完成第一部分：

```{r setup}
knitr::opts_knit$set(root.dir="/cluster/lusture/projects/project3/pipeline3/")
```

但是现在我已经对笔记本进行了硬编码，使其可以在特定的目录中运行，而不仅仅是在R会话的工作目录中运行，因此当我想在其他项目上运行时，此操作将失败（可能以批处理方式进行编织）

我可以通过让管道执行类似以下内容来完成最后一部分：

Rscript -e 'library(rmarkdown);
opts_knit$set(root.dir = ".");
render("/path/to/source/report.Rmd")'

分析目录中的

。但这对于交互式会话不起作用。

我还希望report.Rmd尝试从当前目录加载configuration.ini，如果不存在，请从源目录加载。但是我不知道如何在交互式会话中和编织时都可以使用Rmd中的源目录。