featurecount给出零计数

Question

我是生物信息学的年轻研究员。我鉴定了一些lincRNA，现在我想进行差异基因表达，因为我将个别条件特异的原始读物与这些鉴定的lincRNA对齐，如下所示：

  

SL3.0ch00：1230877-1231088   GCCTATATATAGAGTACTAAATTCCTTAAAAAGGCATCTCGGAAGTTCCATAAATAGATCAAGATATCGAATAAACTAACGACCCTCGAATCATACAAAATCATGGAGAGTAGAATTAAGGGATCAATAGAATTGTACCGCTG

因为它是基因间的，所以我必须创建自己的gtf文件，如下所示：

 SL3.0ch00       myIntergenic    intergenic      1230877 1231088 .       +       .       gene_id "xxx"; transcript_id "SL3.0ch00:1230877-1231088";
SL3.0ch00       myIntergenic    intergenic      1147815 1150318 .       +       .       gene_id "xxx"; transcript_id "SL3.0ch00:1147815-1150318";

，然后通过以下命令运行featureCount：

featureCounts -T 60 -F GTF -a a.gtf -o counts1.bed accepted_hits.bam

这使所有读取都为零。