Question

我建立了一个包含最新蟒蛇版本的奇点图像（jupyter.sif），我想用它来运行一个jupyter笔记本。

我想运行以下内容：

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singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

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基本上，只需启动一个普通的jupyter笔记本，它将使用python版本和安装在奇点映像中的软件包。理想情况下，笔记本计算机将在图像之外读写文件（因此，为什么要指定绑定路径）。

但是，当我运行上述命令时，出现以下错误：

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回溯（最近通话最近）：文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”，行   528，得到       值= obj._trait_values [self.name] KeyError：“ runtime_dir”

在处理上述异常期间，发生了另一个异常：

回溯（最近通话最近一次）：

文件“ / opt / conda / bin / jupyter-notebook”，第11行，在       sys.exit（main（））

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py”，   第266行，在launch_instance中       返回超级（JupyterApp，cls）.launch_instance（argv = argv，** kwargs）

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py”，   第657行，在launch_instance中       app.initialize（argv）

文件“”，第2行，初始化中

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/config/application.py”，   第87行，在catch_config_error中       返回方法（app，* args，** kwargs）

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py”，行   1626，在初始化       self.init_configurables（）

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/notebook/notebookapp.py”，行   1319，在init_configurables中       connection_dir = self.runtime_dir，

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”，行   556，获取       返回self.get（obj，cls）

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/traitlets/traitlets.py”，行   535，在得到       值= self._validate（obj，dynamic_default（））

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/application.py”，   第99行，在_runtime_dir_default中       sure_dir_exists（rd，mode = 0o700）

文件   “ /opt/conda/lib/python3.7/site-packages/jupyter_core/utils/init.py”，   第13行，在sure_dir_exists中       os.makedirs（path，mode = mode）

文件“ /opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第211行，位于makedirs中       makedirs（head，exist_ok = exist_ok）

文件“ /opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第211行，位于makedirs中       makedirs（head，exist_ok = exist_ok）

makedirs中的文件“ /opt/conda/lib/python3.7/os.py”，第221行       mkdir（名称，模式）

OSError：[Errno 30]只读文件系统：'/ run / user'

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我认为这是因为笔记本计算机正在尝试在图像中写入内容，并且因为我不以sudo的身份运行图像（我不想这样做），并且我在执行时也未指定--writable图片（也不想这样做），它抱怨无法在图片中写入内容。

有没有一种方法可以“说”图像在我的主目录中而不是在图像内部读写文件？

谢谢

Answer 1

我只是遇到了同样的问题，这似乎已经为我解决了：将容器中的/ run / user映射到外部的工作目录（或您选择的目录）。对于您的情况，可能意味着：

singularity exec --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ --bind $PWD:/run/user jupyter.sif jupyter notebook --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

像这样运行时，在我的情况下，创建了一个文件夹1000

Answer 2

这对于奇异实例很有效，例如：

namespace __HeavyWork
{
    int SimulateDownload(std::function<int(int)> dlCallBack)
    {
        for (size_t i = 0; i < 100; i++)
        {
            std::this_thread::sleep_for(std::chrono::seconds(1));

            if (dlCallBack(i) == -1)
            {
                return i;
            }
        }

        return 100;
    }
}

Answer 3

accepted answer 有效，但这里是另一种不需要绑定安装的解决方案。可以在运行jupyter notebook之前运行unset XDG_RUNTIME_DIR，这个错误就会消失。

如何使用奇异图像运行jupyter笔记本？

3 个答案: