在Windows机器上的R脚本中运行Shell脚本

时间:2019-03-05 02:51:22

标签: r shell cygwin rscript

我有一个R脚本,在其中我使用系统命令调用Shell脚本,并使用paste命令将参数传递给Shell脚本(在Unix机器上),现在我想在Windows上执行相同的R脚本机器,并且正在努力使其正常运行

这是我遵循的步骤 R代码

source('C:\\Users\\xxxx\\Documents\\R\\R-3.5.2\\ms\\ms\\MS_Config.R')


if(is.null(git_version) | git_version == "" | length(git_version) == 0){
    print('ERROR: EXECUTION STOPPED !!!')
    print('PLEASE SPECIFY GITHUB TAG_ID')
    stop()
}


print("test4444")
print(enable_data_pull)
print (getwd())


system(paste('C:\\Users\\xxxx\\Documents\\R\\R- 3.5.2\\ms\\ms\\MS_ALLM_Parallel_Runner.sh -c ', num_cores, 
         '-s ', snapshot_dt, 
         '-p ' , local_storage_path, 
         '-t ', tag, 
         '-g ', git_version,
         '-y ', enable_data_pull

))


print ("after shell script execution")

我尝试了以下操作,但没有成功

安装cygwin并从cygwin终端调用rscript(PATH变量已更新为包括R及其二进制文件)

  1. rscript“ C:\ Users \ xxxx \ Documents \ R \ R-3.5.2 \ ms \ ms \ MS_Model_Kickoff.R”

以下是我在R脚本尝试运行Shell脚本后看到的错误消息

  

'CreateProcess'无法运行'C:\ Users \ xxxx \ DOCUME〜1 \ R \ R-35〜1.2 \ ms \ ms \ CONRM_〜1.SH -c 25 -s 201811 -p C:\ Users \ xxxx \ Documents \ Test -t分析-g verModelRefit2.2.2 -y N'

上述错误是什么意思,我该如何解决并在Windows计算机上的R脚本中执行Shell脚本?r

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