将颜色渐变应用于ggraph的`geom_conn_bundle`

时间:2019-03-08 16:47:04

标签: r ggplot2 gradient linear-gradients ggraph

上下文

我正在使用ggraph将节点(树的叶子)排列成圆形树状图,然后在某些节点之间添加连接(使用geom_conn_bundle使用分层捆绑):

library(ggraph)
library(igraph)

# Example data
edges <- data.frame(from="root", to=paste("leaf", seq(1,100), sep=""))
vertices <- data.frame(name = unique(c(as.character(edges$from), as.character(edges$to))) ) 
tree <- graph_from_data_frame( edges, vertices=vertices )

# Drawing nodes
pr <- ggraph(tree, layout = "dendrogram", circular = TRUE) + 
    geom_edge_diagonal(alpha = 0.2)

# Example connection
pr <- pr + geom_conn_bundle(
    data = get_con(from = 23, to = 42),
    alpha=0.8, 
    width=3, 
    colour="skyblue", 
    tension = 0.9
)
print(pr)

这很好地显示了skyblue中几乎透明的树状图和一些(在本示例中为)连接。

问题/所需的输出

我想通过颜色渐变(例如,从绿色开始,逐渐变为红色)指示连接的方向,而不是仅以一种颜色(天蓝色)显示连接。如何使用R和ggraph的geom_conn_bundle实现这样的颜色渐变?

Holten (2006)的以下摘录可以作为我希望连接看起来如何的示例:

enter image description here

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

几个ggraph绘图边缘的几何图形(包括geom_conn_bundlegeom_edge_diagonal)具有计算得出的索引统计信息。它是点沿边缘的距离从0到1的数字。请注意,这些几何的简化版本(geom_*0)不会计算出来。 ggraph作者在this blog post中对此有所提及。

在这种情况下,将索引stat(index)映射到捆绑软件aes内的颜色,然后使用(scale_edge_color_gradient,而不是我最初尝试的scale_color_gradient来设置渐变比例

在示例图片中,我无法确定宽度是否也按比例缩放,但是同样可以工作,例如edge_width = stat(index)

library(ggraph)
library(igraph)

ggraph(tree, layout = "dendrogram", circular = TRUE) + 
  geom_edge_diagonal(alpha = 0.2) + 
  geom_conn_bundle(aes(color = stat(index)),
    data = get_con(from = 23, to = 42),
    alpha=0.8, 
    width=3,
    # colour="skyblue", 
    tension = 0.9
  ) +
  scale_edge_color_gradient(low = "green", high = "red")

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