Question

对于我的程序，我需要使用FASTA文件并对其进行一些计算。为了做到这一点，我使用了local $/ = "^>，将文件切成标题行和序列行。尽管我的程序可以执行我想要的操作，但为什么我不能仅仅使用$/ = "^>"？当我尝试它时，我的结果不是我所需要的，我很感兴趣为什么会这样。这是我的简化代码：

my @array;
while(<>){
    local $/ = "^>";
    chomp;
    push (@array, $_);
    if(eof){
        for(@array){
            ...
        }
    ...
    }
    if(eof){
        @array = ();
    }

Answer 1

local

将列出的变量修改为封闭块，文件或eval的本地变量。

它保存了（已经存在的）变量的值，可以根据需要对其进行更改，并且一旦退出范围，仍将恢复其原始值。

正因为如此，它正好与@item()之类的全局变量一起使用-通过$/的大小化它们，我们可以在需要的范围内更改其值，而无需整体更改程序。

提供了更多in perlsub。

显示的内容虽然引起了疑问。 $/ variable使用字符串，而不是正则表达式；我记得那些“ fasta”文件的行以local开头，而不是以>开头。另外，^>需要在读取行之前设置（使用$/），但我看不出所显示的代码如何实现其意图。

Answer 2

local $var保存$var的值，并向堆栈中添加一个指令，当退出范围时（即使是例外），该指令将导致$var的值恢复。这是最接近my的东西，可用于打包变量。

$_ = 123;
{
   local $_ = 456;
   # $_ is 456 here.
}
# $_ is back to being 123 here.

这有助于避免在周围的代码或调用者中引起问题（对于subs）。

请注意，$/的值是逐字符匹配的。不会将其视为正则表达式。

请注意，$/似乎是在您发布的代码中无缘无故设置的（除非您遗漏了一些内容）。

为什么我不能简单地使用$/ = "^>"

然后，更改不会在块末尾撤消，因此它将影响<>条件下的while以及执行读取的循环后的所有代码。 / p>

我如何处理FASTA文件：

my ($header, $seq);
while (1) {
   my $line = <>;
   if (!defined($line) || $line =~ /^>/) {
      work($header, $seq) if defined($header);

      last if !defined($line);

      chomp($line);
      $header = substr($line, 1);
      $seq = "";
   } else {
      chomp($line);
      $seq .= $line;
   }
}

Answer 3

您的代码依赖未定义的行为：

引用perlvar

请记住：$/的值是一个字符串，而不是正则表达式。 awk 必须在某些方面做得更好。：-）

您可以修改$/内while (<>)的值，而该值应该会受到影响。

正确的是：

my @array;
{
    local $/ = ">";
    while (<>) {
        ...
    }
}

然后观察到的差异就消失了，即无论有没有local，代码的行为都相同。

但是您应该始终在全局变量上使用local，以确保在离开local定义的范围时恢复原始值。

$ /和本地$ /的区别

3 个答案: