Question

我正在尝试打包一些使用rpy2调用R代码的Python代码。该R代码当前位于一个单独的文件中，我从Python脚本中source。例如，如果python脚本是myscript.py，则R代码存储在myscript_support.R中，我在myscript.py中有以下内容：

from rpy2.robjects import *

# Load the R code
r.source(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "myscript_support.R"))

# Call the R function
r[["myscript_R_function"]]()

我现在想使用setuptools打包这个Python脚本，我有几个问题：

我应该如何打包R支持代码，一旦完成，我如何找到R文件的路径以便我可以获取它？
R代码取决于几个 R 包。如何确保安装这些？如果无法加载这些R包，我是否应该提出信息错误？

Answer 1

这个问题可能已过时，但我今天遇到了同样的问题，希望为@ivan_pozdeev提出的问题1解决方案和问题2的新解决方案提供更多细节。

1）将您的setup.py文件编辑为：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    ...
    # If any package contains *.r files, include them:
    package_data={'': ['*.r', '*.R']},
    include_package_data=True)
    )

2）Conda很快成为处理python和R中的包依赖关系的一个很好的选择。你可以创建一个环境（http://conda.pydata.org/docs/using/envs），下载你可能需要的所有r和python包，然后生成一个environment.yml文件，以便任何人都可以复制您的环境。查看此博客以获取更多信息：https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Answer 2

好吧，想象一下自己是setuptools打包器，并想一想你希望程序员做些什么。

Setuptools对R，其文件结构或代码以某种方式使用它们一无所知。
您的R解释器对从Python .egg的

对于第一个问题，您有两个选择：

告诉setuptools只包含一些额外的文件，而不用打扰它们是什么
教授关于R的setuptools，如何确定程序使用的R文件以及如何跟踪和包含它们的依赖关系

第一个选项是通过将include_package_data = True传递给setup()并提供要包含在package_data（setuptools docs, "Including Data Files" section）中的文件掩码来实现的。可以使用与包的目录相关的路径。这些文件将在运行时通过“资源管理API”（"Accessing Data Files at Runtime" section）以相同的相对路径访问。

第二个选项要求您在调用setup()之前将代码添加到setuptools。例如，您可以add a file finder将相关的.R文件添加到find_packages()的结果中。或者只是通过任意方式生成上一段的文件列表。

对于第二个问题，最简单的方法是强制setuptools通过指定zip_safe = False将程序包安装为目录而不是.egg。您可以使用eager_resources选项来按需提取一组资源（"Automatic Resource Extraction" section）。

至于安装第三方R软件包，R Installation and Administration - Installing packages

Answer 3

我应该如何打包R支持代码，一旦我这样做，怎么做我找到了R文件的路径，所以我可以来源吗？

对于要安装的源文件，您需要在package_data中以某种方式指定它们。你可以用与现在完全相同的方式找到他们的路径。

R代码取决于几个R. 包。我怎样才能确保这些安装？我应该提出一个如果这些R包的信息错误无法加载？

要么setup.py检查它们是否存在（类型为“configtools方法”），或者只是在无法加载它们时引发某种异常。或者也许两者都做，然后如果由于某种原因你依赖的文件消失了，至少你会知道它。

在python模块中打包支持R代码？

3 个答案: