Question

我正在使用来自Arxiv的python中的第三方代码，该代码使用RDkit作为库。它需要一个带有化学分子数据的.sdf文件作为参数，但是RDkit会引发错误：

OSError: File error: Bad input file file.sdf

我按照说明进行操作，安装了所需的所有软件包，按照文件所述下载了文件，由于.sdf很大，因此占用了我很大的空间，因为.sdf文件很大。但是我无法使其运行，所有这些尝试都没有成功。

我一直在寻找RDkit软件包，这是引发错误的代码段：

LocalForwardSDMolSupplier(std::string filename, bool sanitize, bool removeHs,
                          bool strictParsing) {
  std::istream *tmpStream = nullptr;
  tmpStream = static_cast<std::istream *>(
      new std::ifstream(filename.c_str(), std::ios_base::binary));
  if (!tmpStream || (!(*tmpStream)) || (tmpStream->bad())) {
    std::ostringstream errout;
    errout << "Bad input file " << filename;
    throw RDKit::BadFileException(errout.str());
  }
  dp_inStream = tmpStream;
  df_owner = true;
  df_sanitize = sanitize;
  df_removeHs = removeHs;
  df_strictParsing = strictParsing;
  POSTCONDITION(dp_inStream, "bad instream");
}

似乎是C ++，我不知道。

我希望看到此代码如何工作，以及输入和输出如何适应我的代码。我希望看到此.sdf文件，但也许另一个可以满足我的需求。

Answer 1

最后，我在原始代码中发现该文件的路径不正确。它需要先添加../，因为它正在调用另一个文件夹中的文件，而不是从主文件夹中，而是从一个子文件夹中调用。

谢谢，伙计们！

如何使用.sdf文件修复RDkit中的“ OSError：File error：Bad input file”？

1 个答案: