Question

我有一个数组xx = [1,2,3]，我想使用Snakemake来创建（空）文件1.txt, 2.txt, 3.txt的列表。

这是我使用的Snakefile：

xx = [1,2,3]
rule makefiles:
    output: expand("{f}.txt", f=xx)
    run:
        with open(output, 'w') as file:
            file.write('blank')

但是，我没有在文件夹中看到三个新的闪亮文本文件，而是看到错误消息：

expected str, bytes or os.PathLike object, not OutputFiles

不确定我做错了什么。

Answer 1

迭代output获取文件名，然后写入文件名。参见relevant documentation here。

rule makefiles:
    output: expand("{f}.txt", f=xx)
    run:
        for f in output:
            with open(f, 'w') as file:
                file.write('blank')

通过rule all中的defining target files重写上述规则以进行并行化：

rule all:
    expand("{f}.txt", f=xx)

rule makefiles:
    output: 
        "{f}.txt"
    run:
        with open(output[0], 'w') as file:
           file.write('blank')

snakemake：从数组写入文件

1 个答案: