是否可以使用--array选项作为参数？我的意思是，我在使用数组的地方有一个R代码。数组的数量取决于执行R代码的文件。我想将数组的数目作为参数传递到sbatch my_code.R命令行中，以便从不修改我的Slurm代码：例如，对于具有550.000列的文件，我将需要10个数组，一个具有1.000的文件.000列将需要19个数组，等等。我必须得到类似“ sbatch --array 1-nb_of_arrays_needed my_code.R”的内容。目的是使我的代码可供所有人使用，而无需用户更改代码#SBATCH --array=x-y
我的R代码（我没有完整显示）：
data<-read.table(opt$file, h=T, row.names=1, sep="\t")+1
ncol=ncol(data)
nb_arrays=ncol/55000
nb_arrays=round(nb_arrays)
opt$number=nb_arrays
...
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您的R脚本仅在计划作业后才启动。要进行计划，必须提交它，并且要提交，它必须知道--array的参数。
因此，您有两种选择：
将R脚本分成两个部分：一部分将在提交作业之前运行，另一部分将在作业启动时运行。第一部分将计算阵列中必要的作业数（并可能自动提交作业阵列），而第二部分将进行实际计算。
如果只希望使用一个R脚本，则可以根据环境中是否存在SLURM_JOB_ID变量来区分行为。如果不存在，则计算作业数，然后提交（如果存在），进行实际计算。
另一种选择是将提交作业中的--array设置为一个较大的值，并且当数组中的第一个作业开始时，它将计算所需的作业数，并取消多余的作业。 / p>