Question

我正在尝试使用名为PlasmidFinder的软件，但遇到了一些困难。 PlasmidFinder使用两个数据库，但是当我尝试使用bash脚本在多个文件上批量运行PlasmidFinder时，它无法使用革兰氏阳性数据库。

我尝试重新安装数据库，在每次运行脚本时都在Docker中运行脚本，而不是执行Docker实例，更改数据库文件名以强制脚本使用革兰氏阳性数据库。

#!/bin/bash

# runs plasmidFinder on each fasta file in current directory

for FILE in `ls` ;
 do
    mkdir $FILE.output
    sudo docker run --rm -it -v $PLASMID_DB:/database -v $(pwd):/workdir plasmidfinder -i $FILE -o $FILE.output -x
 done

是的，我意识到对于ls中的FILE； bash编码不是很好的做法，但我的主要任务是让脚本正常工作：）

这是我依次运行质粒查找器时发生的情况。

{'plasmidfinder': {'results': {'Enterobacteriaceae': {'enterobacteriaceae': 'No '
                                                                            'hit '
                                                                            'found'},
                               'Gram Positive': {'gram_positive': 'No hit '
                                                                  'found'}},
                   'run_info': {'date': '08.05.2019', 'time': '17:58:06'},
                   'user_input': {'file_format': 'fasta',
                                  'filename(s)': ['file1.fasta'],
                                  'method': 'blast'}}}

这是我通过提供的bash脚本运行质粒查找器时发生的情况。

{'plasmidfinder': {'results': {'Enterobacteriaceae': {'enterobacteriaceae': 'No '
                                                                            'hit '
                                                                            'found'},                               
                   'run_info': {'date': '08.05.2019', 'time': '17:58:06'},
                   'user_input': {'file_format': 'fasta',
                                  'filename(s)': ['file1.fasta'],
                                  'method': 'blast'}}}

请注意在第二个示例中如何不使用革兰氏阳性数据库。

我的bash脚本有问题吗？我该怎么解决？

谢谢！

通过bash脚本运行python脚本会导致意外输出

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