如何加快Rcpp double for循环

Question

由于我不是C ++（或Rcpp）专家，所以我想知道下面是否还有其他/更好的方法来编写此小函数，该函数使用2个for循环基于其他2个矩阵的值填充矩阵

以下是一些示例数据：

  library(Rcpp)

  sizem <- 50000
  n <- 500
  k <- 5
  d <- matrix(nrow = n, ncol = k, 0)
  x <- matrix(nrow = n, ncol = sizem, runif(sizem*n, 0, 500))
  rownames(x) <- paste0("p-",1:n)
  v <- matrix(nrow = k, ncol = sizem, sample(0:300, size = sizem*k, T))

该函数当前如下所示：

  cppFunction("
  NumericMatrix compdistc(NumericMatrix d, NumericMatrix x, NumericMatrix v, int k, int n) {
    NumericMatrix out = clone(d);
    int i,j;
    for (j=0; j < k; ++j) {
      for (i=0; i < n; ++i) {
        out(i,j) = sum(pow((x(i,_) - v(j,_)), 2));
      }
    }
    return(out);
  }
  ")

  out <- compdistc(d, x, v, k, n)

这是我当前的基准：

  mc <- microbenchmark(times = 10,
    out = compdistc(d, x, v, k, n)
  ); mc

Unit: seconds
 expr      min       lq     mean   median       uq      max neval
  out 2.123477 2.135013 2.174556 2.148467 2.204108 2.354089    10