如何为gzip压缩的vcf文件重新生成索引文件?

时间:2019-05-28 17:45:57

标签: bigdata gzip vcf vcftools

我有一个带有基因组数据的大型vcf文件(330 GB)和一个随附的索引文件。我运行了命令:

bcftools view -f PASS --threads 8 -r chr9:55252802-55252810 -o output.vcf.gz -O z 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz 

我得到:

[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz.tbi
[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz.tbi

有人告诉我,我需要使用Tabix重新生成索引文件。我尝试了以下似乎对其他有类似问题的人有用的命令:

 tabix -p vcf 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz

但返回了:

tbx_index_build failed: 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz

我不太确定应该使用什么命令来重新生成索引文件。任何帮助将不胜感激!

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