Question

我有受试患者生物化合物水平的数据，这些患者根据所服用的某些药物分为不同的组。也就是说，我们有：

列：药物（或组）A，B和C，每组有3名患者（分别表示A中的患者表示为A1，A2，A3； B中的患者表示为B1，B2，B3和等等。）
行：我们正在监视生物化合物Coronin，Dystrophin，Tubulin（随机使用Google标记的蛋白质名称），等等。

所以我们有一个tibble，（tibble中的所有值都是浮点数）：

| compound  | A1 | A2 | A3 | B1 ... C3|
|-----------|----|----|----|---- ... --|
| Coronin   |
| Dystrophin|
| Gloverin  |
| keratin   |
| Tubulin   |

对于每个化合物，我希望以新列的形式计算每个组的平均值，如下所示：

| compound  | A1 | A2 | A3 | B1 ...C3| mean_A | mean_B | mean_C |
|-----------|-----|-----|-----|---- ... --|---------|---------|---------|
| Coronin   |  1  |  2  |  3  |     ...   |    2    |  ...              |
| Dystrophin|  4  |  5  |  6  |     ...   |    5    |  ...              |
| Gloverin  |  ...
| keratin   |
| Tubulin   |

执行此操作的代码是：

my_tibble <- my_tibble %>% 
  mutate(mean_A = rowMeans(select(., c("A1", "A2", "A3")))) %>%
  mutate(mean_B = rowMeans(select(., c("B1", "B2", "B3")))) %>%
  mutate(mean_C = rowMeans(select(., c("C1", "C2", "C3"))))

问题是：我希望能够动态输入数量的组，例如C，D，E等...，其中列到组是一个单独的用户输入小标题，本身，说：

| group_name | name1 | name2 | name3 |
|------------|-------|-------|-------|
|      A     |  A1   |  B2   |  C3   |
|      B     |  B1   |  B2   |  C3   |
...
and so on

如何根据用户指定的组数（以及相关的样本到组名）来迭代地添加mutate动词？

注意：组名“ C”，“ B” ...等是任意的（例如，可能为组分配了该组所使用的药物的名称），所以我不会使用一个迭代操作，该操作依赖于它们的字面名称为“ A”，“ B”等的事实。

Answer 1

一种选择是按列名进行拆分，将list与sapply循环，得到rowMeans并将其分配给3个新列

nm1 <- substr(names(df1)[-1], 1, nchar(names(df1)[-1])-1)  
df1[paste0("mean_", toupper(unique(nm1)))] <- 
            sapply(split.default(df1[-1], nm1), rowMeans)

df1
#  compound g11 g12 g13 g21 g22 g23 g31 g32 g33  mean_G1  mean_G2  mean_G3
#1        A   7   3   9   8   8   1   3   7   2 6.333333 5.666667 4.000000
#2        B   3   8   8   1   2   5   1   1   4 6.333333 2.666667 2.000000
#3        C   8   6   7   5   1   4   3   6   3 7.000000 3.333333 4.000000
#4        D   7   9   8   5   5   6   8   7   6 8.000000 5.333333 7.000000
#5        E   2   4   1   5   2   6   6   1   3 2.333333 4.333333 3.333333

注意：这可以扩展到任意数量的组。唯一需要更改的是当前示例中用于创建列名的1:3

数据

set.seed(24)
df1 <- cbind(compound = LETTERS[1:5], as.data.frame(matrix(sample(1:9, 5 * 9,
      replace = TRUE), nrow = 5, ncol = 9, dimnames = list(NULL,
        paste0(rep(paste0("g", 1:3), each = 3), 1:3)))))

R标记：按特定列中的行，列组进行聚合

1 个答案:

数据