Question

我正在使用grep从文件1中提取与file2中的字符串匹配的行。文件2中的字符串同时包含字母和数字。例如;

MSTRG.18691.1
MSTRG.18801.1

我用sed为文件2中的所有字符串写了单词边界。

file 2
\<MSTRG.18691.1\>
\<MSTRG.18801.1\>

并使用了grep -f file2 file1

但是输出有

MSTRG.18691.1.2
MSTRG.18801.1.3 also..

我想要精确匹配的行

MSTRG.18691.1
MSTRG.18801.1

不是，

MSTRG.18691.1.2
MSTRG.18801.1.3

我的文件中的几行1
t_name gene_name FPKM TPM MSTRG.25.1 . 0 0 rna71519 . 93.398872 194.727926057583 gene34024 ND1 2971.72876 6195.77694943117 MSTRG.28.1 . 0 0 MSTRG.28.2 . 0 0 rna71520 . 33.235409 69.2927240732149

Answer 1

更新答案

您可以使用h2 Some heading和<div id="some-heading"> <h2>Some heading</h2> </div>运算符来匹配开头和开头。要完全匹配 MSTRG.18691.1 ，您可以在两端添加 ^ 和 $ 并删除单词边界，此外start with ^具有特殊含义在正则表达式中的含义要完全匹配end with $，我们需要使用反斜杠.

进行转义

示例模式：

文件1

只需创建一个名为file1的普通文件，然后将以上内容粘贴到其中即可。

文件2 （样式文件）

^MSTRG\.18691\.1$
^MSTRG\.18801\.1$

只需创建一个名为file2的普通文件，然后将以上内容粘贴到其中即可。

从命令行运行以下命令

MSTRG.18691.1
MSTRG.1311.1
MSTRG.18801.2
MSTRG.18801.3
MSTRG.18801.1.2
MSTRG.18801.1.1
MSTRG.18801.1
PrefixMSTRG.18801.1

结果：

^MSTRG\.18801\.1$

Sed将更改添加到特征码文件

这里是grep -i --color -f file2 file1，用于转义MSTRG.18801.1，并在您已有的病毒码文件的开头和结尾处添加sed command和.。

-E以支持BSD sed上的扩展正则表达式，您可能需要根据系统的sed用-r替换-E

更新的模式将保存到file2_updated。需要像这样在grep中使用新的模式文件

Answer 2

您要查找的标志是-F。来自man grep：

-F，--fixed-strings

将PATTERN解释为固定字符串（而不是正则表达式）的列表，并用换行符分隔，其中任何一个都将被匹配。

您可以很方便地与-f结合使用：

grep -Ff file2 file1

请注意，这会将file2的每一行都与file1完全匹配。

grep字符串与字母和数字的精确匹配

2 个答案: