Question

我为Fiji ImageJ（1.52n）写了一个宏来分析粒子。在旁边，我编写了一个python（3.7）代码，用于处理粒子分析之外的结果数据。

我很想在Python代码中实现ImageJ宏-因此从python中启动ImageJ，启动宏并再次关闭。

到目前为止，我尝试了fijibin（https://github.com/arve0/fijibin）和pyimagej（https://github.com/imagej/pyimagej）。斐济宾根本不工作。使用pyimage可以导入，但不能使用imagej进行通信。斐济宾根本不起作用。

我在python中使用numpy函数。

Pyimagej Error (ij = imagej.init('D:\Fiji.app')):

File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\imagej\imagej.py", line 104, in init
    import imglyb
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\imglyb\__init__.py", line 41, in <module>
    config, _ = _init_jvm_options()
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\imglyb\__init__.py", line 36, in _init_jvm_options
    import scyjava
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\scyjava\__init__.py", line 122, in <module>
    jnius = _init_jvm()
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\scyjava\__init__.py", line 64, in _init_jvm
    mvn = str(subprocess.check_output(['mvn', '-v']))
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 395, in check_output
    **kwargs).stdout
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 472, in run
    with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 775, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 1178, in _execute_child
    startupinfo)
FileNotFoundError: [WinError 2]

除了ImageJ我要开始。

使用ImageJ（斐济）-Python中的宏

0 个答案: