我想绘制热图。
另一方面,我只想用二进制(大小写对控件;状态= 0/1)进行聚类,而不像所附带的结果那样。
我该怎么办?
非常感谢。
这是我的示例代码。
install.packages("randomForestSRC")
install.packages("gplots")
library(gplots)
library(randomForestSRC)
# exmaple data
data(pbc)
dat <- na.omit(pbc)
# change row names
new.names_Control <- NULL
new.names_Case <- NULL
for (i in 1 : nrow(dat[dat$status==0,])) {
new.names_Control[i] <- paste0("Control", i)
}
for (i in 1 : nrow(dat[dat$status==1,])) {
new.names_Case[i] <- paste0("Case", i)
}
dat_control <- dat[dat$status==0,]
dat_case <- dat[dat$status==1,]
rownames(dat_control) <- new.names_Control
rownames(dat_case) <- new.names_Case
dat_total <- rbind(dat_control, dat_case)
# make matrix by scaling
mtscaled <- as.matrix(scale(dat_total))
# generate heapmap
heatmap.2(mtscaled
,col=redgreen(75)
,scale="column"
,key=TRUE
,symkey=FALSE
,density.info="none"
,trace="none"
,cexRow=0.5)