如何保存共本地化报告并以无头模式登录:斐济ImageJ2?

时间:2019-06-21 14:37:51

标签: image-processing command-prompt batch-processing imagej fiji

我正在尝试使用斐济的无头模式自动化比较两个图像中的共定位的过程。

我要做什么的简短步骤:

  1. 打开图像,拆分通道,然后关闭蓝色和绿色通道。
  2. 打开第二个图像,然后再次拆分通道,然后关闭蓝色和绿色通道。
  3. 使用coloc 2分析两个红色通道图像并保存日志文件。

我已经将imagej源文件夹添加到路径中,所以这是到目前为止的批处理代码:

imagej-win64 --ij2 --headless MZ_104.0263.png -run "Split Channels" -run "Close" -run "Close" MZ_108.0951.png -run "Split Channels" -run "Close" -run "Close" -run "Coloc 2" 

此后如何进行?操纵coloc 2提供的各种选项,然后运行它,然后保存报告和日志文件(使用我选择的命名方案)?

此外,如果有一种有效的方法,我需要对多对图像执行此操作。

如果还有其他方法可以完成此任务,那么这些方法也会有所帮助。

任何帮助将不胜感激。我还附上了我正在使用的图像。

Veerupaksh

MZ_104.0263.png

MZ_108.0951.png

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