Question

我要比较几个文件。 con和ref文件包含应比较的.txt文件的路径列表，并且输出应包含con_vs_ref_1.txt的变量名。

con：

/home/POP_xpclr/A.txt
/home/POP_xpclr/B.txt

参考：

/home/POP_xpclr/C.txt
/home/POP_xpclr/D.txt

#!/usr/bin/env bash

XPCLR="/home/Tools/XPCLR/bin/XPCLR"
CON="/home/POP_xpclr/con"
REF="/home/POP_xpclr/ref"
MAPS="/home/POP_xpclr/1"
OUTDIR="/home/POP_xpclr/Results"

$XPCLR -xpclr $CON $REF $MAPS $OUTDIR -w1 0.5 200 1000000 $MAPS -p1 0.95

Answer 1

代码注释。

# create an MCVE, ie. input files:
cat <<EOF >con
/home/POP_xpclr/A.txt
/home/POP_xpclr/B.txt
EOF

cat <<EOF >ref
/home/POP_xpclr/C.txt
/home/POP_xpclr/D.txt
ref

# join streams
paste <(
    # repeat ref file times con file has lines
    seq $(<con wc -l) |
    xargs -i cat ref
) <(
    # repeat each line from con file times ref file has lines
    # from https://askubuntu.com/questions/594554/repeat-each-line-in-a-text-n-times
    awk -v max=$(<ref wc -l) '{for (i = 0; i < max; i++) print $0}' con
) |
# ok, we have all combinations of lines
# now read them field by field and do whatever we want
while read -r file1 file2; do
     # run the compare function
     cmp "$file1" "$file2"
     # probably you want something along:
     "$XPCLR" -xpclr "$file1" "$file2" "$MAPS" "$OUTDIR" -w1 0.5 200 1000000 "$MAPS" -p1 0.95
done

Answer 2

在bash中，遍历con和ref文件中的文件路径非常容易。

至于“输出应包含con_vs_ref_1.txt的变量名”，您还没有很好地解释您想要的内容，但是我猜您希望创建的文件根据该公式在内部命名输出目录。像/home/POP_xpclr/Results/A_vs_C_1.txt之类的东西。

#!/usr/bin/env bash

XPCLR="/home/Tools/XPCLR/bin/XPCLR"
CON="/home/POP_xpclr/con"
REF="/home/POP_xpclr/ref"
MAPS="/home/POP_xpclr/1"
OUTDIR="/home/POP_xpclr/Results"

for FILE1 in $(cat $CON)
do
    for FILE2 in $(cat $REF)
    do
        OUTFILE="$OUTDIR/$(basename ${FILE1%.txt})_vs_$(basename ${FILE2%.txt})_1.txt"
        $XPCLR -xpclr $FILE1 $FILE2 $MAPS $OUTFILE -w1 0.5 200 1000000 $MAPS -p1 0.95
    done
done

这是怎么回事...

$(cat $CON)创建一个子shell，然后运行cat来读取您的CON文件，然后将输出（即所有文件路径）插入脚本中
for FILE1 in $(cat $CON)创建一个循环，一次循环遍历从CON文件读取的所有值，并一次将其分配给FILE1变量。
for FILE2 in $(cat $REF)如上，但带有REF文件。
${FILE1%.txt}插入FILE1变量的值，并从末尾删除扩展名“ .txt”。这称为parameter expansion。
$(basename ${FILE1%.txt})像以前一样创建一个子外壳，basename剥离所有前导目录的路径，仅返回文件名，该文件名我们已经通过参数扩展除去了“ .txt”扩展名。
OUTFILE="$OUTDIR/$(basename ${FILE1%.txt})_vs_$(basename ${FILE2%.txt})_1.txt"结合了以上两个点，以根据您的公式创建新的文件路径。
do和done是for循环结构的一部分，我希望这些解释很容易。

如何遍历bash中的几个文件

2 个答案: