在RMarkdown上使用附录时包括引文和参考

Question

我正在研究RMarkdown，以生成一个报告，其中包括引用后的附录。我已将附录写在另一个RMarkdown文件上，并修改了我的主体文件以进行编译。这是我的用于生成报告的主要Rmd文件的代码：

---
bibliography: bb.bib
fontsize: 11pt
nocite: '@*'
output: 
  pdf_document:
    includes:
      after_body: Demo2.Rmd
      keep_tex: yes
link-citations: true
---
\newpage

\section{Testing}\label{sec1}
```{r}
summary(cars)
```
\section{Demo}
This was done using @shiina and we will use some info from Section \ref{sec1} to do.
```{r}
summary(iris[,1:2])
```
\section{References} 

文件bb.bib包含以下引用：

@article {shiina,
author = {Shiina, Takayuki and Birge, John R.},
title = {Stochastic unit commitment problem},
journal = {International Transactions in Operational Research},
volume = {11},
number = {1},
publisher = {Blackwell Publishing},
pages = {19--32},
year = {2004},
}

@book{groewe2001,
  title={Stochastic unit commitment in hydro-thermal power production planning},
  author={Gr{\"o}we-Kuska, N. and R{\"o}misch, W.},
  year={2001},
  series = { Preprints aus dem Institut f{\"u}r Mathematik },
  publisher = { Humboldt-Universit{\"a}t zu Berlin, Institut f{\"u}r Mathematik },
}

最后，我的附录Rmd文件Demo2.Rmd包含以下结构：

\appendix
\section*{Appendix}
\section{Additional info}
In this section we also follow @shiina to explain concepts.

编译工作正常并生成文档，但是附录部分中出现问题。我使用带有@shiina的引用来引用某些内容，但是我在最终报告中得到了以下输出：

黑色圆圈表示参考书目的引用无效。它应显示为@shiina而不是Shiina and Birge (2004)。我曾尝试用TeX文件替换Rmd文件，但没有用。

有什么方法可以纠正吗？我不知道是否需要调整after_body或要做什么。

Answer 1

所以，我实际上确实找到了一个使用一些小技巧的解决方案。

---
bibliography: bb.bib
fontsize: 11pt
nocite: '@*'
output:
  pdf_document:
      keep_tex: true
      includes:
        after_body: Demo2.tex
link-citations: true
---

```{r,include=FALSE}
library(tidyverse)
rmarkdown::render('Demo2.Rmd')
a <- readChar('Demo2.tex', file.size('Demo2.tex'))
a <- a %>% str_remove('[[:space:]]*\\\\hypertarget[[\\w\\W]]+\\z') %>%
  str_remove('\\A[[\\w\\W]]+begin.document.')
writeChar(a, 'Demo2.tex',eos = NULL)
```


\newpage

\section{Testing}\label{sec1}
```{r}
summary(cars)
```

\section{Demo}
This was done using @shiina and we will use some info from Section \ref{sec1} to do.
```{r}
summary(iris[,1:2])
```
\section{References} 

---

以及您的附录文件：

---
bibliography: bb.bib
fontsize: 11pt
output:
  pdf_document:
      keep_tex: yes
link-citations: true
---


\appendix
\section*{Appendix}
\section{Additional info}
In this section we also follow @shiina to explain concepts.

# References

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导致：

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它的工作方式是在渲染实际文件之前渲染Demo2.Rmd-文件，并保留关联的.tex-文件。 然后，我们不希望在主文件末尾包含所有不包含在内的所有部分的R块切割，并覆盖Demo2.tex文件。 剩下的就是您需要使用引用的确切tex代码。

感觉很脏，但是应该可以工作。