X.quali中所有类别均相同的列-PCAmixdata

时间:2019-07-04 17:20:59

标签: r mfa dimension-reduction

我使用PCAmixdata包来减小多个分类列的尺寸。但是,我一直收到

  

“ X.quali中存在所有类别都相同的列”错误。

我不太确定群组和name.groups设置。

这是数据集中的样本。

Hybrid  G1  G5  G8  G9  G10
P1000:P2030 0   -1  0   1   0
P1006:P1384 0   0   0   0   1
P1006:P1401 0   NA  NA  NA  1
P1006:P1412 0   0   0   0   1
P1006:P1594 0   0   0   0   1
P1013:P1517 0   0   0   0   1

我正在R中进行一个遗传项目。在此数据集中,有497行和11,226列。每行是特定杂种的遗传标记系列,每列是值为1、0,-1和NA的遗传标记(“ G1”,“ G2”等)。我正在尝试使用MFAmix缩小尺寸,以便继续进行预测。

MFAmix(data = geno,groups=index,name.groups = colnames(geno))

我分别将它们设置为seq(1, ncol(geno))colnames(geno),其中geno是test_fill的变量名。我想知道这些设置是否正确。

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