按p值订购geom_boxplot

Question

我正在使用以下代码。

 library(ggplot2)
 library(ggpubr)
 mtcars$carb <- as.factor(mtcars$carb)
 mtcars$am <- as.factor(mtcars$am)
 ggplot(mtcars) + 
     geom_boxplot(aes(x = carb, y = mpg, fill = am), 
         position = position_dodge(0.9)) + 
     stat_compare_means(aes(x = carb, y = mpg, group = am), label = "p.format")

这将导致以下情节：

如何对从低到高的p值进行排序，以使在x轴上的排序变为carb = 2、1、4、3、6、8？

请注意，我需要将其应用于更大的数据集，因此需要使用p值而不是c(2,1,4,3,6,8)进行排序。谢谢。

Answer 1

感觉应该比此解决方案更简单，更优雅，但这是可行的。

方法：

• 创建一个列表列，其中am和mpg嵌套在carb下
• 过滤am（l == 2）仅具有两个唯一级别的行
• 运行t.test并添加一个带有p值的列
• 将carb和pval连接回原始数据
• 按pval排序，并使carb成为所需水平的因子（按pval）
• 现在我们可以ggplot

代码。请注意，在两种情况下，我都使用t.test来比较均值，因此p值与您认为默认情况下使用wilcox检验的p值不同。

library(tidyverse)
library(ggpubr)

mtcars %>% 
  select(carb, am, mpg) %>% 
  mutate(am = factor(am)) %>% 
  nest(am, mpg)  %>% 
  mutate(l = map_int(data, ~unique(.$am) %>% length)) %>% 
  filter(l == 2) %>% 
  mutate(pval = map_dbl(data, ~t.test(mpg ~ am, .)$p.value)) %>% 
  select(carb, pval) %>% 
  right_join(mtcars) %>% 
  arrange(pval) %>% 
  mutate(carb = factor(carb, levels = unique(.$carb)), 
         am = factor(am)) %>% 
  ggplot(aes(carb, mpg)) + 
  geom_boxplot(aes(fill = am)) + 
  stat_compare_means(aes(carb, mpg, group = am), 
                     label = "p.format", 
                     method = "t.test")

结果：