Question

我有一个带有以下行的R脚本：

KSData.dataset.abbrev = aggregate(log2FC ~ Kinase.Gene+Substrate.Gene+Substrate.Mod+Source, data=KSData.dataset.abbrev, FUN=mean)

KSData.dataset.abbrev看起来像这样：

    Kinase.Gene Substrate.Gene Substrate.Mod                          Peptide           p        FC       log2FC          Source
364        ABL1          RBM39           Y95                        YRSPYSGPK 0.019590948 1.6158045  0.692252615 PhosphoSitePlus
8          AKT1         AKT1S1          T246                         LNTSDFQK 0.800879536 0.8909224 -0.166628324 PhosphoSitePlus
121        AKT1          EPHA2          S897                    LPSTSGSEGVPFR 0.500658346 0.7052020 -0.503891606 PhosphoSitePlus

使用上面的代码行后，df类似于此：

    Kinase.Gene Substrate.Gene Substrate.Mod          Source        log2FC
430        ABL1          RBM39           Y95 PhosphoSitePlus  0.6922526152
19         AKT1          PEA15          S116 PhosphoSitePlus  1.1782441053
80         AKT1           MDM2          S166 PhosphoSitePlus -0.7967537534

我不知道，这行代码有多完美... 感谢您的帮助

Answer 1

我为唯一组组合计算mean的{{1}} log2FC，Kinase.Gene，Substrate.Gene和{{1 }}。

使用一个小的数据样本，您可以看到Substrate.Mod在做什么：

Source

聚合在这里做什么？

1 个答案: