使用SVN中已安装的软件包克隆anaconda环境

时间:2019-07-12 13:05:36

标签: python svn clone conda

我想用我正在处理的单个私有软件包的不同版本创建一个新的conda环境。

我用以下方法创建了第一个环境:

conda env create --file pkgList.yml

这包含一行内容,用于从我的SVN信息库安装软件包:

name: QC_PIPELINE
channels:
- bioconda
- conda-forge
- defaults
dependencies:
...
- pip:
  - "-e svn+svn://path/to/SVN/repository/tags/1.2.8#egg=qc-pipeline"

据我所知,它将正确安装我的版本1.2.8的管道软件包。

现在,我想创建相同的环境,但是要使用当前的工作版本,而不是1.2.8版本。

我的计划是简单地克隆环境,然后使用pip将单个软件包更新为最新的开发版本。但我收到以下错误:

$ conda create --clone QC_PIPELINE --name QC_1.3.0
Source:      /home/xyz/miniconda3/envs/QC_PIPELINE
Destination: /home/xyz/miniconda3/envs/QC_1.3.0

PackagesNotFoundError:
The following packages are missing from the target environment:
- qc-pipeline==1.2.8=dev_0

为什么我不能克隆我的env的“基本”版本,我该如何解决?

编辑:

将SVN信息库添加为conda中的通道是否有用,所以我可以避免使用pip?如果是这样,我该怎么办?

EDIT2:

conda list --explicit

显示:

...
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/scipy-1.1.0-py36hc49cb51_0.conda
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/patsy-0.5.1-py_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch/seaborn-0.9.0-py_0.tar.bz2
# no URL for: qc-pipeline-1.2.8-dev_0

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