有没有一种方法可以将带引号的字段中的逗号更改为下划线(定界符=,)

时间:2019-07-12 13:16:03

标签: awk

我有一个csv文件。此csv文件中的字段包含引号。在这些引号中可能会有逗号,但情况并非总是如此。如果我使用以下方法提取列:

awk -F, '{ print $3 }' testfile.csv

这行不通。因此,我的想法是将带引号的字段中的更改为_并“转义”该问题。

这是我文件的内容:

chromosome,position,marker,sample1,sample2
chr1,100,NA,A,C
chr1,200,"test1,test2",A,C
chr1,300,NA,A,C
chr1,400,"test6",A,C
chr1,500,NA,A,C
chr1,600,"test3,test4,test5",A,C

我想要的内容是:

chromosome,position,marker,sample1,sample2
chr1,100,NA,A,C
chr1,200,"test1_test2",A,C
chr1,300,NA,A,C
chr1,400,"test6",A,C
chr1,500,NA,A,C
chr1,600,"test3_test4_test5",A,C

有什么建议吗?

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