shell（）函数在运行时不使用奇点

Question

编辑 鉴于这似乎是未知行为，我现在在Snakemake bitbucket上将此问题作为问题发布。

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我正在使用带有--use-singularity选项的snakemake。

当我使用以下形式的经典规则时：

singularity: mycontainer

rule myrule:
  input:
  output:
  shell:
    "somecommand"

somecommand仅存在于奇点容器中，一切正常。

但是，当我需要在规则的运行部分中使用一些python代码时，找不到该命令。

rule myrule:
  input:
  output:
  run:
    some python code here
    shell("somecommand")

我发现的唯一解决方法是使用

shell("singularity exec mycontainer somecommand")

但这不是最佳选择。

我要么缺少某些东西（例如选项），要么这是snakemake中缺少的功能。

我想获得的是将shell()函数与--use-singularity选项一起使用。

Answer 1

Snakemake doesn't allow using --use-conda with run block，这就是原因：

规则的运行块（请参见规则）可以访问Snakefile中定义的任何规则之外的内容。因此，它必须与主要的Snakemake过程共享conda环境。因此，为避免混淆，我们禁止conda指令与run块一起使用。建议改用script指令（请参阅外部脚本）。

出于同样的原因，我押注--use-singularity不能用于run区块。