gromacs Slurm脚本可提高效率

时间:2020-01-28 22:17:07

标签: mpi cluster-computing openmpi slurm sbatch

我是gromacs的新手 我的研究所拥有带有11个GPU节点和200 + CPU节点的TESLA V100(16gb) 我不知道如何编写一个更好的Slurm脚本来充分利用它。

目前,我的GPU利用率约为16GB中的400mb。

我当前的脚本在下面

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --partition=standard
#SBATCH --error=job.%J.err 
#SBATCH --output=job.%J.out
#SBATCH --time=1-00:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1

module load gromacs
gmx_mpi mdrun -deffnm npt -v

请帮助我编写更好的脚本以提高效率

注意:Gromacs仅限64个MPI线程 超过此限制,它将不起作用。 gromacs GPU utilization

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