Question

我在RI中的get.edge.ids()中的igraph函数存在问题，需要向其传递奇数个顶点并在它们之间获取edgeIDs，但不幸的是，它仅获得成对顶点的示例代码生成有向图：

Graph <- erdos.renyi.game(20, 100 , directed=TRUE, loops=FALSE)

如何调用get.edge.ids：

get.edge.ids(Graph, c("1", "2", "3))

我希望在这些顶点之间获得所有可能的边缘ID，但是它不起作用。我为此目的开发了一个函数，但是它不够快。这是函数：

insideOfCommEdgeIDs <- function(graph, vertices)
{
    out <- matrix()
    condition <- matrix()
    if (length(vertices) < 2) {return(NULL)}
    for (i in vertices)
    {
        for (j in vertices)
        {
            condition <- are_adjacent(graph,i,j)
            ifelse(condition,
                   out <- rbind(out, get.edge.ids(graph, c(i, j), directed=TRUE)),
                   next)
        }
    }
    return(out[!is.na(out)])
}

有什么办法可以更快地做到这一点？

Answer 1

您可以使用%--%运算符通过顶点索引查询边缘，然后使用as_ids()获取边缘索引。

请注意，我使用的是igraph版本1.2.4.2，所以我使用的是sample_gnm()而不是erdos.renyi.game()。

library(igraph)

set.seed(1491)

Graph <- sample_gnm(20, 100 , directed = TRUE, loops = FALSE)

as_ids(E(Graph)[c(1, 2, 3) %--% c(1, 2, 3)])
#> [1]  6 12

这与您的自定义函数的输出相匹配：

insideOfCommEdgeIDs <- function(graph,vertices)
{
  out <- matrix()
  condition <- matrix()
  if(length(vertices) < 2) {return(NULL)}
  for(i in vertices)
  {
    for (j in vertices)
    {
      condition <- are_adjacent(graph,i,j)
      ifelse(condition,out <- rbind(out,get.edge.ids(graph,c(i,j),directed =  TRUE)),next)
    }
  }
  return(out[!is.na(out)])
}

insideOfCommEdgeIDs(Graph, c(1, 2, 3))
#> [1]  6 12

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-04-10创建}

如何在igraph中找到某些顶点的边ID？

1 个答案: