Networkx节点在完整图中的位置

Question

我想使用networkx库绘制无向，加权和完整的图形。我的目的是以边缘权重代表节点之间的距离的方式绘制此图。

例如，考虑以下节点和边的集合：

A，B，体重= 5.0

A，C，体重= 50.0

B，C，重量= 0.5

在这种情况下，A-C之间的距离最小，而B-C之间的距离最大。

（在将边缘和节点添加到G之后），我能够使用

nx.draw(G, pos=None)

但是，随着节点数量的增加（大于6），会出现不一致的情况。我的意思是，尽管连接它们的边缘的权重很小，但有些节点却变得更近。

我认为某些节点的位置在某个时间点后不会更新，但是我不确定。

有什么建议吗？

Answer 1

您可以生成图形的布局，并根据该布局计算距离。然后，您可以将1 /距离指定为边缘权重。紧密的边缘将具有更牢固的连接，距离较远的边缘将具有较弱的连接。

import networkx as nx
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.complete_graph(15)

# generate positions
pos = nx.spring_layout(G)

# calculate distances and store as weights
from scipy.spatial.distance import euclidean
edge_updates = {}
edge_widths = []
for (a,b,_) in G.edges(data=True): 
    distance = euclidean(pos[a], pos[b])
    edge_updates[a,b] = {'distance': distance}
    edge_widths.append(1/distance)
nx.set_edge_attributes(G, edge_updates)



nx.draw_networkx_nodes(G, pos=pos)
a = nx.draw_networkx_edges(G, pos=pos, edge_cmap=plt.cm.magma, width=edge_widths)