可以在R中的多个CPU内核上运行dmn {DirichletMultinomial}吗？

Question

我使用分析微生物组数据

library(phyloseq)
library(microbiome)
library(DirichletMultinomial)

和其他几个库。拟合Dirichlet多项式模型以对数据dmn {DirichletMultinomial}进行计数需要相当长的时间。可以在R中的多个cpu内核上运行计算吗？ 我尝试过：

dat <- abundances(pseq)
count <- as.matrix(t(dat))
fit <- lapply(1:25, dmn, count = count, verbose=TRUE)

替换为：

library(parallel)
numCores <- detectCores()
...
fit <- mclapply(1:25, dmn, count = count, verbose=TRUE, mc.cores = numCores)

，但返回错误警告消息： 在mclapply（1:25，dmn，count = count，verbose = TRUE，mc.cores = numCores）中： 所有预定的内核在用户代码中遇到错误

我正在使用

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
> detectCores()
[1] 4

有人可以帮忙吗？

最好的问候， 马辛

Answer 1

是的，如插图http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DirichletMultinomial/inst/doc/DirichletMultinomial.pdf第2部分以及您的代码所示，可以在多个内核上运行。

可能发生的是某些X值存在错误；合适的价值是什么？另外，可以尝试

library(BiocParallel)
fit <- bplapply(1:25, dmm, count, BPPARAM = MulticoreParam(numCores))

fit将成为可以查询的对象（请参见https://bioconductor.org/packages/BiocParallel中的BiocParallel插图），以获取更多错误信息。