Question

我在 R 中使用“indicspecies”包进行了分析，

indval.ch <- multipatt(species.indval, samples.indval, duleg = FALSE)
summary(indval.ch)

输出是这样的

Multilevel pattern analysis
 ---------------------------

 Association function: IndVal.g
 Significance level (alpha): 0.05

 Total number of species: 910
 Selected number of species: 183 
 Number of species associated to 1 group: 125 
 Number of species associated to 2 groups: 58 

 List of species associated to each combination: 

 Group estromatolito  #sps.  8 
                             stat p.value   
Candidatus_Methylomirabilis 0.967   0.005 **
Subgroup_26                 0.943   0.015 * 
Fimbriimonadales            0.787   0.025 * 
Methyloceanibacter          0.745   0.035 * 
Subgroup_13                 0.716   0.035 * 
Pseudofulvimonas            0.667   0.040 * 
IheB2.23                    0.577   0.050 * 
SZB85                       0.577   0.040 * 

 Group suelo  #sps.  86 
                                                    stat p.value   
Acidothermus                                       1.000   0.005 **
Geodermatophilus                                   1.000   0.005 **
Angustibacter                                      1.000   0.005 **
Oryzihumus                                         1.000   0.005 **
Actinoplanes                                       1.000   0.005 **
Dactylosporangium                                  1.000   0.005 **
Segetibacter                                       1.000   0.005 **
YC.ZSS.LKJ147                                      1.000   0.005 **

我的意思是，R 根据我所做的分析向我展示了不同的矩阵。我需要每个数据框才能将结果可视化，我尝试提取每个组并为此搜索了一些代码，但似乎不可能。出于这个原因，我认为我可以复制粘贴结果，但每个元素由不同数量的空格分隔。是否可以用制表符替换空格？手动操作有点困难。

非常感谢您的帮助。

Answer 1

我假设您使用的函数是来自该包的 multipatt。

帮助页面非常清晰。所以你可能会得到一个包含不同元素（矩阵）的列表。

根据您为分析命名结果的方式，您可以通过以下方式访问它们：

my_results_comb <- YOURRESULTSOBJECTNAME$comb
my_results_str  <- YOURRESULTSOBJECTNAME$str

如果需要，您可以通过使用 as.data.frame 命令将两个对象包装起来将它们转换为数据框。

用制表符替换空格

1 个答案: